Voulant mourir dignement, Hanshiro, un samouraï sans ressources, demande à accomplir un suicide rituel dans la résidence du clan Li, dirigé par le chef Kageyu. Essayant de décourager Hanshiro, Kageyu lui conte l’histoire tragique d’un jeune ronin, Motome, venu récemment avec la même requête...

En 2077, le Japon domine les secteurs de la robotique et de la biotechnologie. Mais les Nations-Unies considèrent ces avancées technologiques comme une menace pour l'humanité et mettent en place un système de réglementation draconien. Le Japon se retire alors de l'ONU et s'isole complètement du reste du monde. Dix ans plus tard, une unité des forces spéciales américaines - dont l'un des membres est le Lieutenant-Commandant Vexille - est envoyée pour enquêter sur la situation réelle au Japon. Ce qu'ils vont découvrir changera la face du monde ?

Trois gouttes d’eau tombent du ciel et rebondissent sur l’épaule de Momo qui tient dans sa main une lettre inachevée écrite par son père, océanographe, disparu en mer. Cette lettre, qui commence par « Chère Momo », est restée blanche. Après ce décès, Ikuko, la mère de Momo, décide de quitter Tokyo avec sa fille et de rejoindre son île natale, l’île de Shio, située dans la mer intérieure de Seto. .

Yuko Moriguchi a arrêté de vivre depuis que sa petite fille de quatre ans, Manami, a été retrouvée noyée dans la piscine de L'école où elle enseigne. D'après le rapport de police, il s'agirait d'une mort accidentelle. Mais l'institutrice n'est pas dupe et suspecte deux de ses jeunes élèves d'être les responsables...