Une rumeur à propos de fées volant les souvenirs secoue l’école où la soeur de Kokutô étudie. Shiki est envoyée sur place pour enquêter au grand désespoir de Azaka, jalouse du lien d’amitié entre Shiki et Kokutô. Mais la piste va les mener à un meurtre commis il y a fort longtemps dans la même école, à l’époque où Aozaki était élève… 

Une série de répétitions, un couple assassiné, une affaire étouffée. Shiki se rend sur les lieux du meurtre. elle y rencontre Tomoe Enjô, le meurtrier en cavale, qu’elle décide d’héberger. Shiki et Enjô, ces deux âmes esseulées se lient d’amitié et décident d’élucider le mystère autour du crime d’Enjô. Ils découvrent que l’immeuble où le meurtre a eu lieu fait partie intégrante du puzzle. sur place, un autre mystère surgit en la personne d’Araya Sôren, un ami de longue date d’Aozaki.