Utena est une petite fille lorsqu'elle perd ses parents. Alors qu'elle ne tient plus à la vie, et n'a pour seule envie que de rejoindre ses parents dans la mort, apparaît un prince, Dios, qui en lui montrant quelque chose dont elle ne se souviendra pas, lui donne le courage de vivre et surtout l'envie de lui ressembler. En souvenir de ce jour, il lui offre une bague qui doit lui permettre de le retrouver. Celle-ci porte l'emblème de l'académie Ôthori.

Lors la septième guerre spatiale, les colonies insurgées menacèrent la Terre d'une destruction totale. La Fédération, en retour, mobilisa son arme la plus puissante pour contrecarrer les plans des Forces Révolutionnaires : le Gundam X. Il en résulta la plus grande tragédie de l'Histoire qui oblitéra 99% de l'humanité. 15 après cet holocauste, le monde survit comme il peut. Garrod Roan, un orphelin des décombres n'ayant appris qu'à compter sur lui-même, vit de petites magouilles diverses. Un jour, un personnage mystérieux l'embauche pour qu'il retrouve une jeune fille de son âge prisonnière du vaisseau vulture Frieden. Garrod constate rapidement que Tiffa Adil fait preuve d'une intuition étonnante : se pourrait-il que la légende des newtypes, des personnes aux capacités extra-sensorielles surhumaines, soit vraie ?

Dans un futur proche, empreint de surnaturel, D est un chasseur de vampire. Il est envoyé sur les terres d'un comte vieux de 10 000 ans qui attaque les habitants d'un village.

Utena, une jeune fille prétendant vouloir devenir un prince, arrive dans sa nouvelle académie. Après la rencontre avec son ex-petit ami, elle reçoit une bague, le Sceau de la Rose. Celui-ci l'entraîne dans une série de duels dont le vainqueur prend possession de Himemiya Anthy, une jeune fille aussi mystérieuse qu'extravertie. Après une victoire sur Saionji, un autre duelliste, elle prend « possession » d'Anthy et commence à découvrir ce qui se trame dans l'académie…