Les aliens de la troisième planète du Trou noir récupèrent la carcasse de MechaGodzilla dans le but de le lancer une nouvelle fois contre Godzilla, le protecteur de la Terre. Le robot malfaisant sera aidé par le Titanosaurus, un dinosaure contrôlé par des scientifiques.

D'après les rapports d'experts américains, le Japon devrait être englouti par les eaux sous trente ans. Les deux nations travaillent à chercher une solution lorsqu'un scientifique Japonais revoit l'estimation à la baisse: la disparition de l'archipel devrait intervenir dans les mois qui viennent, immergé par les vagues.

L'International Psychic Power Group est une organisation secrète financée par les Nations Unies. Composée de surhommes clairvoyants sous le couvert du Centre international de recherche sur la pollution, elle mène une guerre privée contre des ennemis qui menacent la paix mondiale et l'anéantissement total de la race humaine. Alors que l'hostilité entre l'Est et l'Ouest atteint un point d'ébullition, quatre délégués d'Europe de l'Est sont assassinés à bord de l'Express international Milan-Genève alors qu'ils se rendent aux Nations Unies pour le Comité de médiation des différends internationaux. Le Premier ministre baltonien est le prochain à être ciblé pour être éliminé. Un assassin psychique impitoyable nommé Goro traque les sauveurs psychokinétiques, eux-mêmes marqués à mort par un groupe anti-ESPY dirigé par l'insidieux et surhumain Ulrov, qui prévoit de détruire l'humanité en déclenchant la troisième guerre mondiale.

Devant l'accroissement de la pollution des mers, le roi de Seatopia décide de prendre des mesures : envahir le monde de la surface en envoyant le monstre Megalon. Pour aider Megalon, des agents sont envoyés dérober un robot qui servira de guide d'attaque au monstre : Jet Jaguar. Megalon détruisant tout sur son passage, on décide d'appeler Godzilla à l'aide pour vaincre le monstre...

Une ancienne légende dit que le soleil deviendra rouge et qu'un monstre du ciel viendra détruire la Terre avant d'être arrêté par deux monstres terrestres. Peu de temps après la découverte d'une grotte dédiée à une divinité ancienne, un robot ressemblant à Godzilla et envoyé par des extraterrestres apparaît et commence à tout détruire...