Lorsque Homer pollue gravement le lac de Springfield, une agence de protection de l’environnement décide de mettre la ville en quarantaine en l’isolant sous un énorme dôme.

Accidentellement cryogénisé le 31 décembre 1999 alors qu'il livrait une pizza, Fry se réveille 1000 ans plus tard à New York. À l'aube de l'an 3000, le monde a bien changé, peuplé de robots et d'extraterrestres. Le jeune homme retrouve l'un de ses descendants qui l'engage lui et ses nouveaux amis, Leela et Bender, au Planet Express, une entreprise de livraison. Ensemble, ils vont devoir faire face à de périlleuses et délirantes missions dans un monde des plus surprenants.

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A l'approche de Noël 3007, l'équipe de Planet Express doit se battre pour sauver la Terre dans une bataille épique contre des aliens nudistes. Alors que les diaboliques extraterrestre dénudés lancent leurs cyber attaque contre Planet Express dont ils ont précédemment acquis les droits via des E-spam, ils font une découverte sans précédents : le secret du voyage temporel mystérieusement tatoué sur les fesses de Fry...

Leo Wong est bien décidé à construire le plus grand parcours de minigolf de toute la galaxie, quitte à menacer de nombreuses espèces! Et tandis que Bender tombe amoureux d'une femme mariée et que Leela devient une hors-la-loi traquée par Zapp Brannigan, des forces maléfiques tentent elles aussi d'empêcher un formidable renouveau écologique! Fry devient alors le dernier espoir de l'univers, recruté par un étrange clochard pour une mission ultra-top-secret...

Tandis que Bender souffre de ne pas posséder d'imagination et ainsi pouvoir jouer à Dungeons & Dragons avec Cubert et les enfants de Planet Express, Leela se voit contrainte par le professeur Farnsworth a contrôler sa colère avec un collier à décharge électrique après que celle-ci (avec l'aide de Fry et Bender) est détruit le vaisseau de Planet Express dans un derbies pour vaisseau. Pendant ce temps, Mom réalise des bénéfices sans précédents avec l'inflation de la matière noire et le professeur révèle à l'équipe de Planet Express le terrible secret que cache cette obscure matière tandis que Bender se perd dans un monde imaginaire qu'il s'est lui même crée au point de finir dans un hôpital psychiatrique pour robot...

Un mois après qu’une faille a déchiré l'univers, l’équipe de Planet Express doit trouver un moyen d’y remédier. Mais c'est alors qu'ils découvrent que cette faille n’est autre qu’un passage vers un autre univers où vit une créature gigantesque et tentaculaire du nom de Yivo. Rapidement, la créature envahit la Terre et prend le contrôle de ses habitants avant de faire de Fry, le messie d’une nouvelle religion, dans le but de guider les humains vers un pseudo-paradis situé dans un autre univers, laissant les robots pour seuls héritiers de la Terre.

Accidentellement cryogénisé le 31 décembre 1999 alors qu'il livrait une pizza, Fry se réveille 1000 ans plus tard à New York. À l'aube de l'an 3000, le monde a bien changé, peuplé de robots et d'extraterrestres. Le jeune homme retrouve l'un de ses descendants qui l'engage lui et ses nouveaux amis, Leela et Bender, au Planet Express, une entreprise de livraison. Ensemble, ils vont devoir faire face à de périlleuses et délirantes missions dans un monde des plus surprenants.