L'histoire se déroule à Tokyo, dans un monde inondé de bulles ayant modifié les lois de la gravité. Coupée du reste du monde, Tokyo est devenue le terrain de jeu d'un groupe de jeunes adeptes de parkour privés de leurs familles, dont les équipes s'affrontent d'immeuble en immeuble. Un jour, après une figure périlleuse, Hibiki, jeune prodige connu pour son style de jeu risqué, est propulsé vers l'océan dénué de gravité qui entoure la ville. Il est sauvé par l'intervention soudaine d'Uta, jeune fille aux pouvoirs mystérieux. Tous deux vont alors entendre un son qu'eux seuls peuvent percevoir. Pourquoi Uta a-t-elle ainsi rejoint Hibiki ? Leur rencontre les mènera à une révélation qui va changer le monde.

« Ce jeu est impossible à terminer. La seule chose qui nous différencie, c’est le lieu et la façon dont nous mourrons. » Un mois s’est écoulé depuis que le jeu de la mort Sword Art Online a ouvert ses portes et emprisonné dix mille âmes. Kirito, un joueur solo qui s’est juré de ne se fier qu'à lui-même pour progresser, va faire la rencontre d’une figure rare sur les lignes de front : une joueuse. Cette fille qui enchaînait les combats contre de redoutables monstres à la seule force de sa rapière, avait tout d’une étoile filante transperçant le ciel nocturne.

« Vous êtes peut-être dans un jeu, mais vous n'êtes pas là pour jouer. » Un mois a passé depuis que Sword Art Online, le tout premier MMORPG en réalité virtuelle, a été coupé du monde. Pour dix mille joueurs, toute mort en jeu entraîne inévitablement un décès dans le monde réel. Après avoir terminé le premier palier, Asuna et Kirito continuent l'aventure ensemble, un seul objectif en ligne de mire : vaincre le boss du dernier palier et en finir avec ce jeu macabre. La conquête du château progresse tranquillement grâce à l'aide précieuse d'Argo, une indic, mais un nouveau péril menace les joueurs.