« The End of Evangelion » est un film divisé en deux parties (« Love is Destructive » et « One More Final: I need you ») proposant une conclusion alternative à de la série « Neon Genesis Evangelion ». Alors que la NERV, le dernier rempart contre les Anges, est assailli par les militaires qui massacrent tout sur leur passage, Asuka mène un combat sans merci contre les neuf EVA. Le monde se prépare à subir le Troisième Impact.

Utena, une jeune fille prétendant vouloir devenir un prince, arrive dans sa nouvelle académie. Après la rencontre avec son ex-petit ami, elle reçoit une bague, le Sceau de la Rose. Celui-ci l'entraîne dans une série de duels dont le vainqueur prend possession de Himemiya Anthy, une jeune fille aussi mystérieuse qu'extravertie. Après une victoire sur Saionji, un autre duelliste, elle prend « possession » d'Anthy et commence à découvrir ce qui se trame dans l'académie…