Kaiba se réveille avec un trou dans la poitrine dans un étrange monde où le seigneur Warp règne en Tiran. La particularité de ce monde c'est que même lorsqu'un corps meurt ses souvenirs sont gardés sous forme de puce conique. On peut ainsi transférer les souvenirs de la personne dans un nouveau corps. Mais une organisation secrète s'oppose à cette pratique et veut mettre un terme à tout cela. Quant à Kaiba, il part à la recherche de sa vie antérieure en compagnie de Vanilla un chérif (du vaisseau spatial qui le transport dans l'univers) un peu étrange...

2012 : Un virus terrifiant nommé Medousa ravage l'humanité. Taux de survie une fois infecté : 0%. Le gouvernement mondial décide de cryogéniser une centaine d'individus dans l'espoir qu'un remède soit découvert dans le futur. À leur réveil, seules sept personnes ont survécu et le complexe scientifique s'est transformé en prison macabre envahie par des ronces acérées et peuplée de créatures sanguinaires. Au fur et à mesure que la peur grandit, les conflits personnels et les luttes de pouvoir s'amplifient. Les rescapés vont pourtant devoir s'associer pour échapper aux monstres et au virus Medousa. Commence alors une fuite effrénée pour la survie. Mais combien d'entre eux mourront avant d'atteindre le monde extérieur et qu'y trouveront-ils?

Futaba Yoshioka est une jeune lycéenne de seconde qui avait du mal à s'entendre avec les garçons lorsqu'elle était au collège, à l'exception de Kô Tanaka, un élève de la classe voisine qui se fait transférer dans une autre école pendant les vacances d'été. Elle le revoit au lycée, mais non seulement son nom a changé de Kô Tanaka à Kô Mabuchi parce que ses parents ont divorcé entre-temps, mais son caractère est aussi devenu bien différent

L'histoire se déroule dans la région océanique nord de Nostrum, la ville portuaire d'Ert Aria, où transitent de nombreux marchands et voyageurs du monde entier. Certains l'appellent le « monde des trésors ». Toute la ville se prépare joyeusement pour la récolte annuelle et pour l'arrivée de la pluie de météorites ayant lieu tous les sept ans. C'est dans cette ville qu'abrite le clan Oasis, où Leceister Maycraft travaille dedans comme technicien. Le soir de la fête, Leceister et ses amies voient un étrange météore tomber pas très loin de leur position. Curieux, Leceister part en reconnaissance. Sur les lieux, il trouve une jeune fille endormie sur un lit... À son réveil, elle lui saute dessus et l'appelle papa.

Nous sommes en 2031. Cela fait 2 ans que Motoko Kusanagi a quitté la Section 9. Togusa est maintenant le nouveau leader d'une équipe dont le nombre a considérablement été revu à la hausse. Cette nouvelle Section 9 affronte à présent une série d'évènements complexes et leur enquête révèle l'implication d'un hacker de classe archi-mage, surnommé le Marionnettiste, à la source de tous les incidents. Tandis que Batô mène l'enquête de son côté, il rencontre Kusanagi. Elle repart en lui disant de se tenir à l'écart du Solid State. Un doute envahit Batô. Kusanagi pourrait-elle être le Marionnettiste ?

L'histoire se déroule dans la région océanique nord de Nostrum, la ville portuaire d'Ert Aria, où transitent de nombreux marchands et voyageurs du monde entier. Certains l'appellent le « monde des trésors ». Toute la ville se prépare joyeusement pour la récolte annuelle et pour l'arrivée de la pluie de météorites ayant lieu tous les sept ans. C'est dans cette ville qu'abrite le clan Oasis, où Leceister Maycraft travaille dedans comme technicien. Le soir de la fête, Leceister et ses amies voient un étrange météore tomber pas très loin de leur position. Curieux, Leceister part en reconnaissance. Sur les lieux, il trouve une jeune fille endormie sur un lit... À son réveil, elle lui saute dessus et l'appelle papa.

Des enfants, les « Rêves d'Alice », possèdent un mystérieux pouvoir qui leur permet de défier les lois de la physique. Cependant, ils vivent confinés dans un laboratoire secret afin d’être observés, jusqu’au jour où une jeune fille, Sana, parvient à s’échapper. Elle trouve refuge chez un vieil homme bougon, Zôroku, dont le quotidien tranquille se trouve à jamais chamboulé.