Paul Brenner, un des meilleurs enqueteurs de la CID (Division des enquetes criminelles de l'armee americaine) est appele au fort Mac-Callum pour mettre fin a un trafic d'armes. Il fait la connaissance du capitaine Elisabeth Campbell, seduisante instructrice des operations psychologiques avec laquelle il engage un flirt sans consequence. Quelques heures plus tard, il apprend que la jeune femme a ete violee et assassinee dans l'enceinte du fort. Il decouvre par la meme occasion qu'Elisabeth etait la fille du general Campbell, futur vice-president du pays.

Gods and generals a pour cadre la Guerre de Sécession et notamment les batailles de Bull Run, d'Antietam, de Fredericksburg et de Chancellorsville.