Dans un XXVème siècle apocalyptique, une maladie a rayé la quasi-totalité de la population mondiale, à l'exception d'une ville fortifiée, Bregna, dirigée par une assemblée de scientifiques. Un groupe de rebelles vivant sous terre, les Monicans, emmené par The Handler envoie leur meilleur élément, Aeon Flux pour assassiner l'un des plus hauts dirigeants du pouvoir en place.

Une adolescente de 15 ans gagne une certaine notoriété suite à un quiproquo. Elle devient pour ses camarades de classe la fille qui a tenté de mettre fin à ses jours, alors qu’il s’agissait d’un regrettable accident.

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Une force surnaturelle chevauche dans Beacon Hills, s'appelant la Wild Hunt (la Chasse Sauvage) croise la route de la meute de Scott alors que pendant ce temps-là, un loup-garou alpha nazi, s'étant échappé de la capsule des « Médecins de l'horreur » fait des ravages dans Beacon Hills. Mais ce qui s'annonçait comme les meilleurs jours de leur vie devient encore plus sombre, quand ils oublient Stiles et que ce dernier disparaît, qui a été effacé de leur existence après avoir été enlevé par les Ghosts Riders. Pour se battre et arrêter la destruction de tous ceux qu'ils aiment, ils devront les affronter avec l'aide de leurs plus grands ennemis. Puis la Meute doit faire face à un nouvel ennemi se nommant L'Anuk-ite, une créature qui s'est échappée de la prison de la Chasse Sauvage et qui les traquera pour les exterminer jusqu'au dernier. Pendant ce temps-là, Gérard recrute de nouveaux chasseurs pour créer une armée de chasseurs afin de tuer tout type d'être surnaturelle à Beacon Hills et dans le reste du monde.

Scott et ses amis sont confrontés à un nouvel ennemi, bien plus puissant qu'ils ne le croient : le « kanima », qui met la ville de Beacon Hills sens dessus dessous. Les chasseurs et les loups-garous tentent de l'arrêter en cherchant son origine et le lien entre les morts qu'il engendre.