Dans un Japon futuriste régi par l'Internet, le major Motoko Kusunagi, une femme cyborg ultra-perfectionnée, est hantée par des interrogations ontologiques. Elle appartient, malgré elle, à une cyber-police musclée dotée de moyens quasi-illimités pour lutter contre le crime informatique. Le jour où sa section retrouve la trace du 'Puppet Master', un hacker mystérieux et légendaire dont l'identité reste totalement inconnue, la jeune femme se met en tète de pénétrer le corps de celui-ci et d'en analyser le ghost (élément indéfinissable de la conscience, apparenté à l'âme) dans l'espoir d'y trouver les réponses à ses propres questions existentielles...

Deux frères perturbés d'une famille pauvre du Kentucky, Joey et Matt, volent une boîte pleine de billets dans une maison vide pour payer les frais médicaux de leur mère malade. Alors qu'ils s'enfuient, les deux adolescents sont surpris par un gardien qui se lance à leur poursuite dans la forêt. Ce dernier tombe accidentellement au fond d'un puits abandonné et se casse la cheville. Joey et Matt doivent faire face à un choix difficile : aider le gardien pris au piège et répondre de leurs actes, ou l'abandonner au risque qu'il ne soit peut-être jamais retrouvé.

L'histoire débute dans un petit village du nom de Talta, où vivent Shu et ses deux amis, Jiro et Kluke. Chaque année, un requin terrestre attaque le village de nos héros, les habitants n'ont alors d'autre choix que de se réfugier sur les hauteurs et de regarder, impuissants, le monstre ravager toutes les habitations. Mais cette année, les trois enfants sont décidés à en finir avec cette créature, qui par le passé, provoqua la mort des parents de Kluke et Shu. Malheureusement, le plan qu'ils avaient préparé tourne mal. Ils se retrouvent embarqués dans une forteresse volante qui se révélera être celle de Nene, un personnage puissant qui, aux côtés d'une ancienne civilisation gardienne d'un pouvoir puissant que l'on croyait disparu, menace le sort du monde et de ses habitants.

Dans cette histoire qui précède Street Fighter Alpha. Quelques années plus tard, Ryu vient rendre hommage à son maître Gouken qui lui aussi a été tué sous ses yeux, par Gouki. Ryu se fait alors héberger par un ji-san (vieillard), se prétendant moine, et qui après l’avoir vaincu, décide de prendre en charge son entraînement. C’est alors qu’arrive Sakura qui après un long voyage à pied vient défier Ryu qu’elle considère non pas comme un vulgaire Street Fighter mais comme un Shin Kakuto. Durant ce combat Ryu comprend qu’il doit combattre Gouki non pas pour la vengeance, mais pour suivre sa voie de combattant. Enfin par une matinée pluvieuse, Ken qui arrive de Tokyo se fait maîtriser par le vieillard qui ne veut pas qu’il interfère dans le combat entre Ryu et Gouki ; combat durant lequel Ryu devra choisir sa voie...

In a dystopic and futuristic Tokyo, humanity’s genetic code has gone awry. At the forefront of the technology is Fraud, an organization conducting experiments on people such as Kei and Ai – two escaped “headmeters” with hefty psychokinetic powers. The sinister Mr. Lee wants nothing more to retrieve Ai back to his clutches, as she seemingly holds the key to immense power; Kei wants simply to keep Ai safe; and the evil Lai Lo Ching has his own master plan. Along with the help of the amnesiac headmeter K2 and a trusty sidekick, Kei must fight to protect Ai from the evils of Mr. Lee, Lai Lo Ching, and the state of the world itself!