Trois années se sont écoulées depuis que la déesse Belldandy et ses deux sœurs sont entrées dans la vie de Keiichi Morisato, le jeune étudiant. En cette nouvelle rentrée universitaire Celestin, l’ancien mentor de Belldandy, fait son apparition. Il vient demander à Belldandy de l’aider à bâtir un nouveau monde. Mais suite à un malentendu, il lui fait perdre la mémoire et propage un virus qui ravage le réseau informatique céleste, menaçant le monde entier ! Pour couronner le tout, la belle Morgan, une nouvelle recrue du club de mécanique, tente de séduire Keichi... La force de leur amour sauvera-t-elle le monde ?

La carrière de chanteuse de Ranka est au beau fixe alors que Sheryl voit la sienne dégringoler en même temps que sa santé. Dans l'ombre, les différents camps continuent d'œuvrer afin d'obtenir le contrôle de la horde des Vajras en utilisant le pouvoir du chant des deux chanteuses. Alors que la bataille entre la flotte Macross Frontier et les Vajras reprend, Alto prend enfin sa décision

L'histoire se déroule au Japon, dans un futur très proche, où un sport mondial, le Beyblade, est apparu, bien qu'il daterait de temps très anciens. Dans ce sport, les participants s'affrontent dans un Stadium avec des toupies très perfectionnées, le but étant d'éjecter la toupie adverse hors du Stadium ou de la faire s'arrêter. Chaque toupie est conçue par son propriétaire, et donc unique. Les toupies sont des puissances de la nature et elles peuvent lancer des coups spéciaux.