Lorsque l'ancien détenu Jimmy et sa petite amie sont brutalement assassinés dans une réserve par un gang local de satanistes, il est ramené par le Crow pour se venger.

Depuis la défaite de leur ennemi juré The Shredder, les liens se sont distendus entre Leonardo, Raphael, Donatello et Michelangelo. Leur vieux gourou, le rat géant Splinter fait tout ce qu'il peut pour maintenir un semblant de cohésion au sein de cette tumultueuse équipe, et s'inquiète d'autant qu'il sent planer une lourde menace sur New York.De fait, le richissime industriel Max Winter est en train de lever une vaste armée de monstres aux fins de dominer le monde. Aidés de leurs fidèles comparses April O'Neil et Casey Jones, nos Tortues vont devoir livrer le plus féroce combat de leur vie en affrontant à nouveau le mystérieux clan des "Foot", recruté par le diabolique Winter...

Le Moine 5 est un maître en arts martiaux, un modèle de sérénité zen, auquel fut jadis confiée la garde d'un manuscrit sacré, clé du pouvoir suprême. Après avoir assuré cette mission durant des temps immémoriaux, il se rend en Amérique pour passer le flambeau à son successeur.Stupeur et consternation : la prophétie a désigné comme gardien un petit voyou, aussi sympathique qu'incontrôlable du nom de Kar. S'armant de courage et de patience, Le Moine entreprend d'initier son jeune protégé pour lui permettre d'affronter le machiavélique super-méchant qui cherche depuis soixante ans à s'emparer du fameux manuscrit...

Cette fois, le corbeau va choisir Ashe et son petit garcon Danny, témoins involontaires d'un réglement de compte entre bandes qui provoqua leur mort, pour revenir parmi les vivants et assouvir une implacable vengeance malgré Sarah, qui cherchera à retenir par son amour cet être surnaturel.