Sacha et Pikachu s'apprêtent à vivre le plus grand combat Pokémon de tous les temps. Palkia et Dialga s'affrontent, créant de terribles dégâts et le mystérieux Darkrai rode.

Autrefois, le Peuple des Mers construit un temple et y cacha un trésor : la Couronne des Mers. De nos jours, Sacha et Pikachu rencontrent Lizabeth, descendante du Peuple des Mers et Jackie, Pokémon Ranger chargé de protéger un oeuf de Manaphy et de trouver le Temple. Soudain, les voilà attaqués par Fantôme le pirate qui projette de conquérir le monde et voler la Couronne des Mers, mais pour cela il a besoin de cet oeuf.

Dans l'Archipel Orange situé tout au sud de Kanto, le Dresseur Gelardan a un plan sinistre : attraper les Pokémon légendaires Artikodin, Électhor et Sulfura dans le but de réveiller Lugia, le gardien des abysses… Lorsque Sacha et ses amis arrivent, les habitants de l'archipel lui demandent de partir à la recherche de 3 sphères élémentaires issues de différentes îles. Alors que le climat est extrêmement perturbé dans le monde entier, il devient évident que la capture du trio légendaire a déséquilibré la planète. Avec l'aide de Lugia, Sacha pourra-t-il trouver les sphères sacrées, rétablir l'équilibre originel et devenir l'Élu tant attendu par tous ?

L'aventure fait place à l'action avec l'apparition de Mewtwo, un Pokémon de laboratoire créé avec l'ADN de Mew, l'un des Pokémon les plus rares qui soient. Après s'être échappé du laboratoire, Mewtwo est déterminé à prouver sa supériorité : il invite les meilleurs Dresseurs à un combat de Pokémon sans pareil, et bien sûr, Sacha et ses amis sont ravis de relever le défi. L'enthousiasme de Sacha se transforme en colère lorsque Mewtwo décide de cloner les Pokémon des enfants et rétablir l'équilibre entre les Pokémon et leurs Dresseurs. Malgré Sacha, Mewtwo refuse de croire que Pokémon et humains peuvent être amis. Mais face à un jeune Dresseur et à la loyauté de son Pokémon, Mewtwo devra changer de plan et se mesurer à la puissance du mystérieux Mew !

Ash and his friends must stop a greedy media mogul from using the shape-shifting Zoroark to capture the time-travelling Celebi.

Lors d'un voyage en train, Sacha et Pikachu, accompagnés de leurs amis Iris et Rachid, aperçoivent un Pokémon blessé. Alors que Sacha tente de lui porter secours, le train est attaqué par un Pokémon légendaire de type dragon, le redoutable Kyurem. Sacha et ses compagnons parviennent à lui échapper. Une fois en sécurité, ils découvrent l'histoire du Pokémon blessé. Celui-ci n'est autre que le Pokémon fabuleux Keldeo, qui doit sauver ses amis Cobaltium, Terrakium et Viridium, trois Pokémon légendaires connus comme les Lames de la Justice, prisonniers de Kyurem. Mais Kyurem, qui peut se transformer en Kyurem Noir ou en Kyurem Blanc, n'a pas renoncé à avoir le dernier mot. Keldeo trouvera-t-il le courage d'affronter tous ces dangers ?...