Krabat est un jeune orphelin de treize ans qui erre ici et là dans la campagne bohémienne, essayant tant bien que mal de trouver de la nourriture et un endroit où dormir. Un soir d'Epiphanie, il rencontre un corbeau qui le convainc de le suivre dans le vieux et sinistre moulin du marais de Kosel. Une fois sur place, il rencontre un meunier au visage affreux qui est aussi un sorcier. Ce dernier lui propose de devenir son apprenti et de travailler pour lui en échange d'un lit et de repas chauds...

En 1891, à Prague, alors qu'ils visitent le Salon des Sciences et des Techniques, cinq garçons intrépides montent à bord d'un dirigeable et prennent les airs. Echappant à toutes les poursuites, ils survolent l'Europe et parviennent au-dessus de l'Océan. Une tempête détruit complètement le dirigeable, mais les garçons échouent heureusement sur une île inconnue... Ils y vivent comme Robinson, découvrent le repaire du légendaire Capitaine Nemo et affrontent une bande d'aventuriers.