1942, Joseph a onze ans. Et ce matin de juin, il doit aller à l'école, une étoile jaune cousue sur sa poitrine… Il reçoit les encouragements d'un voisin brocanteur. Les railleries d'une boulangère. Entre bienveillance et mépris, Jo, ses copains juifs comme lui, leurs familles, apprennent la vie dans un Paris occupé, sur la Butte Montmartre, où ils ont trouvé refuge. Du moins le croient-ils, jusqu'à ce matin du 16 juillet 1942, où leur fragile bonheur bascule… Du Vélodrome d'Hiver, où 13 000 raflés sont entassés, au camp de Beaune-La-Rolande, de Vichy à la terrasse du Berghof, La Rafle suit les destins réels des victimes et des bourreaux. De ceux qui ont orchestré. De ceux qui ont eu confiance. De ceux qui ont fui. De ceux qui se sont opposés. Tous les personnages du film ont existé. Tous les évènements, même les plus extrêmes, ont eu lieu cet été 1942.

Berlin, avril 1945. Le IIIe Reich agonise. Les combats font rage dans les rues de la capitale. Hitler, accompagné de ses généraux et de ses plus proches partisans, s'est réfugié dans son bunker, situé dans les jardins de la Chancellerie. À ses côtés, Traudl Junge, la secrétaire particulière du Führer, refuse de l'abandonner. Tandis qu'à l'extérieur la situation se dégrade, Hitler vit ses dernières heures et la chute du régime.

Nankin, 1937. John Rabe qui vit depuis plus de trente ans dans l'ancienne capitale chinoise dirige la filiale locale de Siemens et doit rentrer à Berlin. Lors de son bal d'adieu, la ville est bombardée par l'armée japonaise. Le lendemain matin, les étrangers encore en ville proposent de mettre en place une zone de sécurité à Nankin afin de protéger les civils chinois. John Rabe est nommé président de cette zone...