Tokyo. Une poupée d’air habite l’appartement sordide d’un homme d’une quarantaine d’années. Elle ne peut ni parler, ni bouger, mais elle est la seule compagne de son propriétaire. Il lui parle, prend son bain avec elle, et lui fait l’amour chaque soir, en rentrant du travail. Mais un jour, le fantasme devient réalité : la poupée prend vie et développe des sentiments humains. Comme un nouveau-né, elle découvre un monde inconnu qu’elle aspire à découvrir.

Une journée d’été à Yokohama. Une famille se retrouve pour commémorer la mort tragique du frère aîné, décédé quinze ans plus tôt en tentant de sauver un enfant de la noyade. Rien n’a bougé dans la spacieuse et réconfortante maison des parents. Mais pourtant, au fil des ans, chacun a imperceptiblement changé…

A l'aube de la Restauration de l'empereur Meiji, un samouraï de basse caste, Munezo Katagiri, secrètement amoureux de la servante Kie, se trouve pris dans les luttes politiques entre clans. On lui ordonne de tuer son ancien ami Hazama, condamné à la suite d'un complot qui a ébranlé le clan. Il est écartelé entre son devoir, son amour impossible pour Kie, d'une caste inférieure, et la fidélité à son compagnon de sabre...

En 1614, les Shoguns règnent sur le Japon depuis que l'un d'eux a réussi à unifier tous les clans du pays. Seulement, la paix leur semble menacée par l'existence de deux villages isolés, Iga et Koga. En effet, ils sont le terrain d'entrainement des plus mystérieux mais néanmoins meilleurs Shinobis du pays. Malheureusement, ils sont aussi ennemis depuis plusieurs siècles. Malgré tout, l'amour naît parmi la haine des combattants de ces villages. Oboro, du clan Iga, et Gennosuke, du clan Koga, se sont rencontrés, et aimeraient ne plus se séparer. Mais pour cela il leur faut trouver le moyen d'unifier leurs clans. C'est sans compter sur l'espoir du premier Shogun : afin de pacifier la région il organise un combat à mort entre les cinq meilleurs Shinobis des deux clans. Oboro et Gennosuke en sont les chefs. Les deux amoureux devront choisir.