Ce programme de neuf courts métrages faisant appel à diverses techniques d'animation (animation classique, manga, images de synthèse...), raconte plusieurs histoires au sein du monde de la Matrice autour de la guerre hommes/machines. 1 - Le Dernier Vol de l'Osiris 2 - La Seconde Renaissance, partie 1 3 - La Seconde Renaissance, partie 2 4 - L'Histoire de Kid 5 - Programme 6 - Record du monde 7 - Au-delà 8 - Une histoire de détective 9 - Matricule

L'histoire prend place dans le quartier d'Ikebukuro et se centre Mio et Shin, deux amis d'enfance. Mio est amoureuse de Shin et pense toujours à lui, mais n'a jamais pu lui avouer ce qu'elle ressent. Un jour, ils se disputent sur quelque chose de trivial, et quelque temps après, Mio décide de se réconcilier avec lui. En se rendant chez Shin, trempée par la pluie, elle est impliquée dans un accident de la circulation. Lorsque Mio reprend conscience, elle se retrouve dans un monde inconnu.

Allen, un sorcier qui déteste les gens et qui vit au fond de la forêt, est appelé le "Roi Démon" et est craint par les gens qui l'entourent. Un jour, alors qu'il vit reclus, il recueille Charlotte, une jeune femme tombée malade et qui a fui son pays après que ses fiançailles aient été rompues pour un crime qu'elle n'a pas commis. En entendant cela, Allen se rappelle l'expérience amère d'avoir été trahi par le groupe qu'il croyait autrefois être ses amis. Lorsqu'il entend son histoire, il décide de la laisser vivre dans son manoir et de la former.