En prison, Akemi Tachibana, raconte à ses codétenues son histoire. Celle d'une chef yakuza d'une bande exclusivement féminine, ayant chacune une partie d'un même tatouage représentant un dragon. Un soir, lors d'un combat, une femme est accidentellement rendue aveugle. Quelque temps plus tard, les meurtres s'enchaînent dans le groupe, et les victimes se font scalper leur tatouage.

Zatoichi se retrouve fortuitement invité à une cérémonie qui réunit tous les clans yakuzas de la région, sous l'égide de leur chef suprême, un cruel et démoniaque parrain, aveugle comme lui. D'abord accueilli comme un des leurs, le "parrain Zatoichi", porte-parole de valeurs morales très personnelles, devient vite un convive gênant. Craignant qu'il ne nuise au bon déroulement de la cérémonie qui doit élire son successeur, le roi de la pègre, surnommé aussi le "shogun de l'ombre", décide d'éliminer Zatoichi. Pour cela, il va utiliser la seule arme capable, d'après lui, de terrasser le bretteur hors pair : la séduction. Et, effectivement, Zatoichi va tomber éperdument amoureux de la femme chargée de le tuer...