One year after the events of the anime, Rintarou begins to feel the repercussions of extensive time travel, and eventually completely fades from reality. Kurisu, being the only companion to remember him, now must find a way to bring him back.

Victime d’un accident de voiture aux États-Unis, une jeune femme est rapatriée chez elle, au Japon, dans un fauteuil roulant, avec les deux jambes dans le plâtre. En l’absence de son père, c’est son frère qui s’occupera d’elle. Mais, très vite, le jeune homme suspecte la présence de phénomènes surnaturels dans la chambre de sa soeur. Un soir, il décide d’utiliser une caméra pour filmer les évènements qui vont se produire durant la nuit...

Dans le monde de Gamindustri il existe quatre territoires : Planeptune, Lowee, Lastation et Leanbox. Chaque territoire dispose d'une déesse qui veille dessus.  Cependant, Neptune la déesse de la ville futuriste de Planeptune, ne se souvient plus de rien et fera très bientôt la rencontre des autres déesses. Qui sont : Noire, la déesse de la ville steampunk de Lastation, Blanc, la déesse des terres magiques enneigées de Lowee et Vert, la déesse de l'ancienne ville de Leanbox.  Les quatre déesses devront travailler ensemble afin de mettre hors d'état de nuire la sorcière maléfique Arfoire.

Dans le monde de Gamindustri il existe quatre territoires : Planeptune, Lowee, Lastation et Leanbox. Chaque territoire dispose d'une déesse qui veille dessus.  Cependant, Neptune la déesse de la ville futuriste de Planeptune, ne se souvient plus de rien et fera très bientôt la rencontre des autres déesses. Qui sont : Noire, la déesse de la ville steampunk de Lastation, Blanc, la déesse des terres magiques enneigées de Lowee et Vert, la déesse de l'ancienne ville de Leanbox.  Les quatre déesses devront travailler ensemble afin de mettre hors d'état de nuire la sorcière maléfique Arfoire.