L’histoire de Cross Ange: Tenshi to Ryū no Rondo se déroule dans un monde où l’humanité est parvenue à faire sienne une technologie appelée Mana, faisant entrer le monde dans une utopie où guerre, famine, pollution et autres problème ont été éradiqués. Angelize est la première princesse de l’Empire Misurugi. Aimée de son peuple, elle est supposée un jour succéder au trône. Cependant sa lumineuse existence va prendre une tournure bien sombre lorsqu’elle découvre qu’elle est une Norma, un être incapable de manipuler le Mana, considéré comme hérétique par ses pairs. Devenue une paria elle s’isole sur une île reculée, où elle rejoint d’autres filles Norma dont la vie n’est constituée que de combats, affrontant à bord de robots appelés Barameiru des dragons venus d’une autre dimension.

L'océan est un havre de paix mais il peut aussi être un terrifiant champ de batailles. C'est pour lutter contre ce risque que s'est ainsi mise en place une organisation internationale: la PKN "Peace Keeping Navy". Arrive justement le jour de son inauguration: à cette occasion, les plus grandes puissances maritimes du monde se sont rassemblées, apportant chacune le fleuron de leurs flottes respectives. Malheureusement, un maléfique sous-marin interrompt soudain la cérémonie. Il s'agit du "UX", une imbattable machine dirigée par l'Amiral Red, lui-même à la tête d'un mouvement terroriste et d'opposition: la USR "Undersea Silent Revolution". L'UX attaque alors par surprise la flotte réunie par la PKN. La surprise est telle que les pacifistes n'ont pas le temps de réagir, tout semble perdu...mais c'est sans compter sur le représentant de la flotte japonaise: le sous-marin 707 !

Nous suivons l'histoire de Aoba Watase, un lycéen âgé de 16 ans. Sa vie est comme toutes les autres, banale. Les vacances d'été terminées, il se rend comme toujours au lycée afin de reprendre les cours. Ce jour-ci, il fera néanmoins la rencontre de Jyunyou Dio Weinberg, lui aussi âgé de 16 ans. Tous deux ne le savent pas encore, mais cette rencontre va totalement bouleverser le destin du monde.