Profitant de l’accent mis par les médias sur l’émergence d’une race de mutants et sur les dangers qu’ils représentent, l’extrémiste William Metzger se profile lentement comme le leader charismatique du mouvement anti-mutants. De leur côté, cinq adolescents doivent faire face à leurs différences et affronter l'opinion publique qui leur est de plus en plus hostile. Le professeur Charles Xavier rêve cependant d’une cohabitation harmonieuse entre les deux races et tente de joindre les cinq jeunes surhumains à sa noble cause.