Nous suivons les aventures de Hiraga Josef Kō et Robert Nicholas. Le premier est un grand scientifique et le second est un expert en archives et en cryptanalyse. Les deux hommes travaillent en équipe en tant qu'examinateur de miracles pour le compte du Vatican. Pour cela, ils voyagent à travers le monde afin de vérifier l'authenticité des miracles revendiqués.

Les Diclonius sont des mutants qui possèdent de terribles pouvoirs psychiques. Emprisonnés par le gouvernement, ils sont isolés et étudiés dans des laboratoires. Mais Lucy, l’une des plus terribles Diclonius, parvient à s’échapper en massacrant toute personne s’opposant à sa fuite. Au cours de son évasion, elle est touchée par une balle et perd la mémoire. Lucy est retrouvée par deux adolescents qui, ne connaissant rien de son passé sanguinaire, décident de l’accueillir en la renommant Nyu, le seul mot qu’elle puisse prononcer. Mais l’envoi d’une unité d’assaut spéciale à sa recherche réveille partiellement la sauvagerie de Lucy, entraînant de nombreux massacres…

L'histoire se déroule en 1924. Kujo, un jeune garçon japonais, entre dans une grande école d'aristocrates en Savoie. Cependant, ne venant pas d'une famille très riche, il reste dans son coin, et ne fréquente personne. Jusque là, rien d'anormal ne se produit... Mais lorsqu'il assiste au meurtre d'un motard et qu'il se retrouve, sans en savoir la raison, accusé de ce crime, sa vie va changer, mais sûrement pas en bien...

Un jour, une ville est anéantie. Yuki est une jeune femme qui serait la seule survivante de cette fameuse ville après sa destruction et Takuya un homme solitaire. Ensemble, avec la lettre laissée par le père de Yuki, ils se mettent en route vers cette ville, maintenant appelée Lost, mais des obstacles inattendus se dressent sur leur chemin. Les pensées des défunts, des mystérieuses organisations secrètes et des conspirations les attendent alors qu'ils se rapprochent du mystère derrière Lost.

Kôjirô Shindô travaille pour le ministère des Affaires étrangères. Tandis qu’il part en voyage d’affaires en avion, un mystérieux cube apparaît dans le ciel, absorbant l’appareil et tous ses passagers. Ce cube porte un nom : « Kado ». À l’intérieur, un être extraterrestre, Yaha-kui zaShunina, annonce qu’il va s’immiscer dans les affaires du Japon. Shindô endosse le rôle de médiateur, mais le gouvernement décide d’envoyer une femme, Saraka Tsukai...

Suigin est un joueur professionnel de jeux vidéo, mais il garde son activité secrète. Seule une élève de sa classe, Lei, est au courant. Un jour, Lei remet à Suigin un appareil lui permettant de tester un nouveau jeu en ligne, Grave Buster, mais avant même de lui expliquer comment il fonctionne, elle est kidnappée. Tandis qu’il cherche à l’aider, Suigin active accidentellement un processus qui le projette dans le jeu. Il se retrouve alors au cœur d'une bataille opposant des pilleurs de tombes aux protecteurs de la sépulture d'une déesse venue sur Terre il y a mille ans…

Dans leur petit magasin de photo, deux hommes utilisent un étrange pouvoir pour mener des enquêtes. Lu Guang et Cheng Xiaoshi entrent dans les souvenirs de leurs clients à travers leurs photos. Plongés dans le passé, ils tiennent l'avenir entre leurs mains. Mais les choses ne se passent pas toujours comme ils le souhaitent...

Après une série de morts mystérieuses, le procureur Sarah Sinclair et l'agent du SSC James Blood découvrent un complot autour d'étranges masques biotechnologiques.

L'histoire prend place dans le Kamiatsura, un pays resté près des traditions orientales (les vêtements, les coutumes, les maisons). Là-bas posséder pouvoirs et magie est chose commune. Le héros, Kamiazuma Touka est au début de l'histoire à la recherche de Momoko, son ancien amour. Il entretient des relations plutôt ambiguës avec sa mère et a une double personnalité (il devient parfois une fille). Touka possède un pouvoir caché en lui, la Sekiken. Au fil de l'histoire, Touka va revoir défiler des images du passé, proche et lointain, pour comprendre la source des évènements il y a 2000 ans.

Juin 1983. Hinamizawa est une petite ville d'apparence paisible de la campagne japonaise où le personnage principal, Keiichi Maebara, vient emménager avec sa famille. Il va très vite se lier avec quatre de ses camarades de classe, quatre jeunes filles nommées Rena Ryugū, Mion Sonozaki, Rika Furude, et Satoko Hōjō, qui l'acceptent dans leur club d'amateurs de jeux de société. Leur bonne entente commence toutefois à se détériorer quand Keiichi apprend petit à petit certains éléments de l'histoire récente du village. Tout débute apparemment par un meurtre horrible commis quatre ans auparavant suivi d'une série de mystérieuses disparitions, mais ces faits sont passés sous silence. Pire, il semblerait que les amies de Keiichi aient été mêlées à ces événements ! Après le festival de Watanagashi, célébrant une déité locale, Oyashiro, de nouvelles énigmes apparaissent...

Cette histoire prend place juste après les évènements de Super Danganronpa 2.

Il existe à Londres un mystérieux bar, ouvert seulement la nuit : le Café Forbidden. Une fille installée en Angleterre pour ses études va faire la connaissance des beaux jeunes hommes qui travaillent dans ce lieu, porte entre le monde des humains et celui des ombres…

Dans un futur lointain, les jouets (Toys) sont décris comme des pouvoirs surhumain. À cause de cela, le nombre de crime dû aux personnes en utilisant a considérablement augmenté. Sheryl, Nero, Elly, et Cordelia sont les élèves les plus connues et les plus fortes de la Holmes Detective Academy. On ne compte plus le nombre de voleurs et criminels qu'elles ont arrêtées. Forte de leur notoriété, elles se font appelées les Milky Holmes. Un soir, en voulant attraper un de leur plus grand rival, elles perdent leurs "jouets". Comment vont-elles surpasser cet handicap et resteront-elles les plus grande détective ?

Juin 1983. Hinamizawa est une petite ville d'apparence paisible de la campagne japonaise où le personnage principal, Keiichi Maebara, vient emménager avec sa famille. Il va très vite se lier avec quatre de ses camarades de classe, quatre jeunes filles nommées Rena Ryugū, Mion Sonozaki, Rika Furude, et Satoko Hōjō, qui l'acceptent dans leur club d'amateurs de jeux de société. Leur bonne entente commence toutefois à se détériorer quand Keiichi apprend petit à petit certains éléments de l'histoire récente du village. Tout débute apparemment par un meurtre horrible commis quatre ans auparavant suivi d'une série de mystérieuses disparitions, mais ces faits sont passés sous silence. Pire, il semblerait que les amies de Keiichi aient été mêlées à ces événements ! Après le festival de Watanagashi, célébrant une déité locale, Oyashiro, de nouvelles énigmes apparaissent...

Depuis qu'il a rencontré Rei, la vie de Suigin a bien changé : il a retrouvé son grand-père et a découvert qu'il était le dernier "Guardien", des êtres chargés de protéger les trésors du monde. Mais en parallèle, l'adolescent espère surtout pouvoir secourir Rei, qui a été enlevée par une étrange guilde.

Tant que les cœurs existeront à l'intérieur des gens, il y aura toujours ceux qui souffrent. Et puis quelque chose d'« étrange » entre dans leur esprit et provoque la manifestation d'une étrange maladie dans le corps. Cette maladie, que l'on appelle « maladie mystérieuse », est inconnue de la plupart des gens, mais elle existe certainement. Il existe un médecin et un apprenti qui combattent la maladie, que la médecine moderne ne peut pas guérir…

Danganronpa 3 : Désespoir se déroule avant les événements décrits dans Danganronpa: Trigger Happy Havoc. Chisa Yukizome est une nouvelle professeure à Hope's Peak Academy et devient la principale de la classe 77. Pendant ce temps, un étudiant sans talent de la réserve se porte volontaire pour subir des expériences ayant pour but de créer l'« Espoir Ultime ». L'histoire suit tous les événements qui donneront naissance aux « Désespoir Ultime », puis à la Tragédie4

En 2050, un jeune ingénieur nommé Derrida Yvain est félicité pour son invention, le robot autonome DZ, une avancée majeure dans la robotique et fleuron de l'entreprise de son père. Cependant, avec son collègue Nathan, il découvre une faille et demande à la firme de reporter la production en série. Mais ses recommandations sont ignorées et dès le lendemain, le laboratoire est attaqué par des forces inconnues.

Cet anime se révèle l'adaptation du Light-Novel portant le même nom. Fujishima Narumi est un lycéen que l'on pourrait qualifier de normal. Cependant, un jour, il finit par devenir l'assistant du détective Alice, une adolescente NEET qui reste constamment en pyjama dans sa chambre. À cet endroit, la jeune fille se sert toujours de son grand réseau d'amis virtuels et Internet afin de résoudre des cas. Alice, avec l'aide de Narumi, sera-t-elle capable de trouver toutes les clés des énigmes ?

À Kyoto, dans une boutique d'antiquités du quartier commerçant de Teramachi Sanjô, la jeune Aoi Mashiro rencontre Kiyotaka Yagashira, fils du propriétaire du magasin où elle finit par travailler à temps partiel. Kiyotaka est surnommé le "Holmes de Kyoto" ! Avec Aoi, il résolvent des énigmes et des cas bizarres que leur soumettent certains clients.

Quatre démons adultes (Enma, Yukihime, Kapaeru, et grand-père Chapeauji) forment le groupe connu sous le nom Detective Agency Enma. Ils vont après les démons et les monstres qui se sont échappés de l'enfer dans le monde humain.

Matsuzaka Satou a longuement eu la réputation d'enchaîner les petits amis jusqu'au jour où elle rencontre l'amour de sa vie, qui n'est autre que l'adorable petite Shio. Depuis, Matsuzaka fait tout pour le bien de leur relation, quitte à recourir à la violence. Mais d'où vient réellement Shio ?

Kaiba se réveille avec un trou dans la poitrine dans un étrange monde où le seigneur Warp règne en Tiran. La particularité de ce monde c'est que même lorsqu'un corps meurt ses souvenirs sont gardés sous forme de puce conique. On peut ainsi transférer les souvenirs de la personne dans un nouveau corps. Mais une organisation secrète s'oppose à cette pratique et veut mettre un terme à tout cela. Quant à Kaiba, il part à la recherche de sa vie antérieure en compagnie de Vanilla un chérif (du vaisseau spatial qui le transport dans l'univers) un peu étrange...

Dans un monde où des superhéros qui luttent contre le crime sont sponsorisés par des grandes marques et suivis par les chaînes d'actualité, deux détectives mènent des enquêtes. L'un est un vétéran, Douglas (Doug) Bilingam, et le second une jeune recue, Kirill Vrubel...

Dans ce spin-off de "Détective Conan", un détective qui est aussi agent de la sécurité publique et membre d'une organisation mystérieuse jongle avec ses trois identités.

Un groupe de 15 étudiants d’élite est rassemblé dans un lycée très spécial. L’école est sous la direction d’un ours appelé Monokuma, il leur explique que leur diplôme s’articule autour d’assassinats. La seule façon d’obtenir leur diplôme est de tuer l’un de leurs camarades de classe sans être découvert. Si les autres découvrent l’identité du tueur, l’assassin est le seul a être exécuté. Toutefois, si ils ne parviennent pas à attraper le tueur, seul l’assassin est diplômé et les autres sont annihilés.

Kôjirô Shindô travaille pour le ministère des Affaires étrangères. Tandis qu’il part en voyage d’affaires en avion, un mystérieux cube apparaît dans le ciel, absorbant l’appareil et tous ses passagers. Ce cube porte un nom : « Kado ». À l’intérieur, un être extraterrestre, Yaha-kui zaShunina, annonce qu’il va s’immiscer dans les affaires du Japon. Shindô endosse le rôle de médiateur, mais le gouvernement décide d’envoyer une femme, Saraka Tsukai...

En 2009, un tremblement de terre de magnitude 7.8 a ravagé le quartier de Shibuya, à Tokyo, causant la mort de milliers de personnes sans compter les très nombreux blessés. Ce jour-là, un étrange feu noir s’est également propagé, causant des scènes de panique. Six ans plus tard, la ville est en reconstruction, mais des morts inexpliquées surviennent à l’approche de ce triste anniversaire…

ChäoS;HEAd raconte l'histoire de Takumi Nishijō, un étudiant otaku, qui se retrouve mêlé aux récents problèmes de Shibuya (quartier de Tokyo). Les problèmes en question sont des meurtres inexpliqués, ainsi que des suicides de masse…

Quatre prisonniers se réveillent dans une prison où ils sont les seuls individus à être présents. Bien qu'ils tentent de savoir comment s'évader, ils rencontrent un vieil homme, et son chat de compagnie, qui semble en savoir beaucoup sur ce lieu. Mais, à vrai dire, les prisonniers ont un lien entre eux sans même le savoir. Et qui a dit qu'un chat ne pouvait pas avoir un rôle important à jouer ?

Après une série de morts mystérieuses, le procureur Sarah Sinclair et l'agent du SSC James Blood découvrent un complot autour d'étranges masques biotechnologiques.