Tromaville est à présent nettoyée de sa racaille. Déprimé et désœuvré, Melvin décide de partir à la recherche de son père au Japon. Alors qu’il parvient à retrouver sa trace, Tromaville est investie par une bande de pollueurs sans scrupules...

Alors qu'il effectue une mission de sauvetage dans l'école des attardés de Tromaville, le Toxic Avenger est victime d'une explosion qui le propulse dans une autre dimension. Alors que son double, méchant, fait régner la terreur à Tromaville, le héros toxique se retrouve dans un monde où le crime, la violence et la méchanceté sont la norme. Aidé par deux élèves de l'école et un scientifique déchu il va finalement retourner dans sa dimension afin de combattre son double malfaisant et sa bande.

Quand Claire, la petite amie aveugle de Toxie a une chance de retrouver la vue, le justicier décide de trouver un moyen de rassembler l'argent nécessaire à l'opération...

Un écureuil mutant géant a détruit la centrale électrique Tromaville...

La classe de Nuke Em High est de retour, et cette fois ils sont au collège! L'usine nucléaire de Tromaville a été reconstruite et comprend maintenant l'institut de technologie de Tromaville. Situé à l'intérieur de la centrale nucléaire, Tromaville Tech est l'endroit où le Prof. Holt a mis au point des Sub-humanoids ... Des êtres vivants sans émotions, qui ont été génétiquement programmés pour effectuer des tâches secondaires

La centrale nucléaire de Tromaville a laissé sa place à une usine agro-alimentaire, fabriquant notamment des tacos, et distribués à la cantine dans le collège de la ville. Les tacos radioactifs vont provoquer une série de mutations chez les élèves et une confrontation avec une bande de lycéens libertaires.