Année 2015, Japon. Grâce à une reprise de l'économie et de la consommation, les rescapés du dernier cataclysme tentent de survivre dans la nouvelle ville forteresse de Tokyo-3. Mais ce monde en pleine renaissance subit régulièrement les assauts inexpliqués de monstres gigantesques appelés Anges. Pour contrer leurs effets destructeurs, le gouvernement fait appel à une organisation secrète, la NERV, et à ses êtres à la fois organiques et cybernétiques contrôlés par des enfants : les Evangelions.

Ce film est découpé en 2 parties : La première, Death, résume les épisodes 1 à 24 de la série Evangelion. La seconde, Rebirth, constitue les 15 premières minutes de l'épisode 25' (l'épisode 25 TV remanié, amélioré, complété avec une histoire inédite jusqu'alors). La partie Death est un remontage, assez aléatoire, de la série TV. Ce remontage intègre plusieurs scènes inédites, qui ont été intégrées à la série TV dans sa version vidéo (sortie 2 ans après la première diffusion TV). La partie Rebirth n'est pas complète, car la Gainax n'a pas eu le temps de terminer leur projet (épisodes 25' et 26'). Il a alors été décidé de diffuser un premier film en mars, dans lequel serait montré un avant-goût du produit final (la partie Rebirth) et un autre film en été, qui serait cette fois la version complète.

Suigin est un joueur professionnel de jeux vidéo, mais il garde son activité secrète. Seule une élève de sa classe, Lei, est au courant. Un jour, Lei remet à Suigin un appareil lui permettant de tester un nouveau jeu en ligne, Grave Buster, mais avant même de lui expliquer comment il fonctionne, elle est kidnappée. Tandis qu’il cherche à l’aider, Suigin active accidentellement un processus qui le projette dans le jeu. Il se retrouve alors au cœur d'une bataille opposant des pilleurs de tombes aux protecteurs de la sépulture d'une déesse venue sur Terre il y a mille ans…

Depuis qu'il a rencontré Rei, la vie de Suigin a bien changé : il a retrouvé son grand-père et a découvert qu'il était le dernier "Guardien", des êtres chargés de protéger les trésors du monde. Mais en parallèle, l'adolescent espère surtout pouvoir secourir Rei, qui a été enlevée par une étrange guilde.