Un quinquagenaire fatigué, qui a toujours vécu d'errances en dérives dans les bars louches, se sent trahi par son meilleur ami qui vient d'épouser une certaine Barbara.

Pour faire sauter la banque du Casino, le lieutenant de navire Fergie Howard n'hésite pas à utiliser Max, l'ordinateur de bord, communiquant avec depuis sa chambre par signaux optiques. Mais le pot aux roses est rapidement découvert...

Marcus Daimon, adolescent et combattant des rues invaincu, fait la rencontre d'Agumon, qui tente en parallèle de fuir la Digital Accident Tactics Squad (DATS), une organisation gouvernementale secrète ayant pour mission de défendre le monde réel face aux menaces en provenance du digimonde. À la suite d'un combat acharné, les deux protagonistes se lient rapidement d'amitié, puis, après une petite série d'événements, sont recrutés par le directeur de la DATS, Richard Sampson. Les deux jeunes recrues font désormais équipe avec Thomas H. Norstein et son partenaire Gaomon, et Yoshino Yoshi Fujieda et sa partenaire Lalamon. Au fil des épisodes, Thomas découvre qu'en réalité les digimon se défendent face à la noirceur des humains.