Une princesse transylvanienne, un étudiant et un guerrier vieux de 2000 ans sont choisis pour faire partie d'une troupe de combattants créée afin de stopper une entité extra-terrestre résolue à détruire l'Univers.

Deux vieux grincheux, John et Max, vivant à deux pas l'un de l'autre, sont continuellement en train de se disputer et de s'insulter, et cela dure depuis 50 ans. Un jour, l'arrivée de leur nouvelle voisine, Ariel, ne fera qu'accroître leur petite guerre...

Après avoir épuisé sans relâche les ressources de la planète, les hommes ont finalement réussi à rendre la Terre inhabitable, provoquant l'extinction d'une grand partie de l'Humanité. Des années plus tard, les survivants ont créé une société en apparence utopique, mais régie par des règles strictes. Toute personne menaçant l'équilibre de ce nouveau monde est aussitôt éliminée. Jomy Marcus Shin, 14 ans, va un jour s'interroger sur son monde et la façon dont il fonctionne. Il deviendra alors une cible pour le gouvernement, mais aussi pour une organisation anti-gouvernementale qui tente de le protéger.

Les aventures d'un petit garçon qui voyage de planète en planète à bord d'un train, le Galaxy Express 999, dans le but de venger la mort de sa mère.

Akira Fudô, un timide étudiant, se voit contacter par son ami Ryô dans l'urgence. Celui-ci lui révèle que les démons, endormis depuis des lustres, sont à présent prêts à récupérer la Terre qui leur appartenait autrefois. Pour les en empêcher, Akira doit fusionner avec un des leurs, afin d'obtenir suffisamment de puissance pour les combattre, ce qui va en plus de lui octroyer le corps du légendaire Amon, changer progressivement sa personnalité.

Gepetto, un pauvre menuisier, rêve depuis toujours d'avoir un fils. Un jour, il se met à tailler une marionnette en bois, qui grâce à une fée, se transforme en petit garçon, Pinocchio. La fée bleue prévient Pinocchio qu'il ne deviendra un enfant de chair que lorsqu'il aura prouvé son honnêteté, sa gentillesse et son dévouement. Mais l’innocence du petit pantin de bois lui fera enchaîner de bien mauvaises actions avant de devenir humain...

Teddy, un jeune garçon témoin de l'assassinat de sa mère par le Comte de Fer, rencontre Marina, une mystérieuse jeune femme qui lui offre un billet pour le Galaxy Express 999. Ce train traverse les galaxies, et les conduira vers Rahmetal, une planète où la robotisation des humains est possible, devenant ainsi un moyen d'atteindre l'immortalité…

Teddy, un jeune garçon témoin de l'assassinat de sa mère par le Comte de Fer, rencontre Marina, une mystérieuse jeune femme qui lui offre un billet pour le Galaxy Express 999. Ce train traverse les galaxies, et les conduira vers Rahmetal, une planète où la robotisation des humains est possible, devenant ainsi un moyen d'atteindre l'immortalité…

Nils, petit garçon suédois qui vit au sud de la Scannie, est un garçon farceur et méchant, qui aime jouer de sales tours et maltraiter les animaux de la ferme.  Mais un jour, pour s'être moqué d'un lutin, Nils va être ensorcelé et devenir tout petit, de la taille d'une souris.  Il décide alors d'accompagner une troupe d'oies sauvages dans leur longue migration  Il accomplira alors un voyage extraordinaire jusqu'en Laponie avec l'oie Aka, le jars Martin et Quenotte, son hamster. 

Suite à sa victoire face à la reine Promethium, Tetsurô décide finalement de rentrer sur Terre. Cependant, la ville qu’il chérissait tant, Metropolis, a été détruite par les sbires de Promethium qui d’après les rumeurs serait en fait toujours vivante. N’écoutant que son courage, Tetsurô rejoint une armée de résistants. Or, quelques temps plus tard, il reçoit un message de son amie Maetel qu’il pensait ne plus revoir, le conviant à la rejoindre dans le Galaxy Express 999.

Il était une fois deux frères, Hibito et Mutta. Hibito, le plus jeune des deux, est béni des dieux depuis sa naissance. Mutta, l'ainé, est à l'inverse malchanceux. Un jour, les deux frères aperçoivent un OVNI. Cette expérience les a tellement marqués, qu'ils décident de devenir astronautes. Tandis que le cadet accèdait à son rêve, Mutta se faisait renvoyer de sa société automobile. Afin de suivre son frère sur la lune, Mutta va tenter de devenir astronaute à l'âge de 32 ans, et ainsi confirmer sa propre règle : « L'ainé devrait toujours précéder le plus jeune »…

Il était une fois deux frères, Hibito et Mutta. Hibito, le plus jeune des deux, est béni des dieux depuis sa naissance. Mutta, l'ainé, est à l'inverse malchanceux. Un jour, les deux frères aperçoivent un OVNI. Cette expérience les a tellement marqués, qu'ils décident de devenir astronautes. Tandis que le cadet accèdait à son rêve, Mutta se faisait renvoyer de sa société automobile. Afin de suivre son frère sur la lune, Mutta va tenter de devenir astronaute à l'âge de 32 ans, et ainsi confirmer sa propre règle : « L'ainé devrait toujours précéder le plus jeune »…

Il était une fois deux frères, Hibito et Mutta. Hibito, le plus jeune des deux, est béni des dieux depuis sa naissance. Mutta, l'ainé, est à l'inverse malchanceux. Un jour, les deux frères aperçoivent un OVNI. Cette expérience les a tellement marqués, qu'ils décident de devenir astronautes. Tandis que le cadet accèdait à son rêve, Mutta se faisait renvoyer de sa société automobile. Afin de suivre son frère sur la lune, Mutta va tenter de devenir astronaute à l'âge de 32 ans, et ainsi confirmer sa propre règle : « L'ainé devrait toujours précéder le plus jeune »…

Un an après les événements survenus dans Galaxy Express 999, Tetsuro, toujours en compagnie de Maetel, reprennent la route en direction de la planète Eternal.