Scoubidou, Samy, Daphné, Vera et Fred sont piégés dans un jeu vidéo ! Ils vont voyager à travers le temps, passant de la préhistoire au futur vraiment très spatial... Imaginez Scoubidou au temps des Pharaons! Ils finiront par croiser leurs doubles virtuels et s'allieront à eux pour détruire le virus électronique.

Ben Ravencroft est un célèbre auteur de romans fantastiques qui baignent dans un climat horrible. Velma adore ses livres et lorsque le groupe le rencontre par hasard, elle manque défaillir. Loin de l'image de l'écrivain misanthrope, Ravencroft sympathise avec la bande et les invite à venir le voir chez lui. Scooby-Doo et ses amis le rejoignent dans son village, hanté par une sorcière qui serait une aïeule de l'écrivain...

Fred, Daphné, Shaggy, Velma et leur fidèle chien Scooby-Doo ont dissous la formidable équipe qu'ils formaient pour mener leur propre destiné. Cette période de leur adolescence où mener des enquêtes et démystifier les coups bien orchestrés est maintenant chose du passé. C'est la nouvelle attraction de l'île de peur, fertile en frissons de tout genre, qui a la cote chez les jeunes aujourd'hui. Cet immense parc au large des côtes attire les foules, plus particulièrement les adolescents. Toutefois, ils n'en reviennent pas tous le teint aussi enjoué... Sans le savoir, les membres de la Mystery Machine sont tous convoqués pour passer une nuit sur cette île mystérieuse.

En panne au milieu du désert Scooby-Doo et Samy découvrent que la place est envahie par des extra-terrestres belliqueux, une multitude soucoupes volantes et des scientifiques des services secrets…qui ne leur veulent pas tous du bien !