Tokyo Sonata dresse le portrait d'une famille japonaise ordinaire. Le père, licencié sans préavis, le cache à sa famille. Le fils ainé est de plus en plus absent. Le plus jeune prend des leçons de piano en secret. Et la mère, impuissante, ne peut que constater qu'une faille invisible est en train de détruire sa famille.

Dans la cour d'école d'un paisible village japonais, quatre fillettes sont témoins du meurtre d'Emili, leur camarade de classe. Sous le choc, aucune n'est capable de se souvenir de l'assassin. Asako, la mère d'Emili, désespérée de savoir le coupable en liberté, convie les quatre enfants chez elle pour les mettre en garde : si elles ne se rappellent pas du visage du tueur, elles devront faire pénitence toute leur vie. Quinze ans après, que sont-elles devenues ? Sae et Maki veulent se souvenir.

Fin 1944. Le Japon est en train de perdre la guerre. Sur ordre du mystérieux Major Taniguchi, le jeune Hiroo Onoda est envoyé sur une île des Philippines juste avant le débarquement américain. La poignée de soldats qu'il entraîne dans la jungle découvre bientôt la doctrine inconnue qui va les lier à cet homme : la Guerre Secrète. Pour l'Empire, la guerre est sur le point de finir. Pour Onoda, elle s'achèvera 10 000 nuits plus tard.

Le catcheur Miyama Juichi bénéficiait autrefois d'une certaine renommée dans le milieu mais les blessures et l'âge l'ont contraint à ne plus exercer désormais ses talents qu'avec parcimonie et dans un relatif anonymat. Sa famille est une dynastie du théâtre nô et son père Jusaburo a été désigné Trésor national vivant. Juichi aurait dû en fait prendre sa suite mais n'a pas supporté les enseignement trop stricts de son père. Il a donc préféré fuir la maison familiale et n'a plus donné de nouvelles depuis plus de vingt ans. Juichi apprend soudainement que son père est à l'orée de la mort et décide de rentrer à la grande surprise de sa famille. Finalement, Jusaburo survit et profite de l'occasion pour annoncer qu'il compte se marier avec son auxiliaire de vie et en faire son héritière. Juichi choisit alors d'abandonner le catch et de venir s'occuper de son père.

Akira travaille toujours à temps partiel dans la société de design Octopus avec le PDG Takoda et l'employé Misaki. Ces derniers ne sont pas au courant des antécédents d'Akira en tant que tueur à gages. Alors qu'il tente de mener une vie normale, il doit protéger une jeune femme et affronter un homme avide de vengeance… sans tuer personne !

Un tueur professionnel, plus connu sous le nom de "Fable" obéit aux ordres de son patron yakuza depuis son plus jeune âge. Sous les ordres de celui-ci, il est contraint, avec son équipière, de prendre une année sabbatique à Osaka pour apprendre à se comporter comme un citoyen ordinaire et promet de ne tuer personne pendant un an. Cependant, des membres de la mafia menacent sa nouvelle vie tranquille...

Un matin ordinaire de Tokyo, les passagers se retrouvent soudain à lutter pour leur survie lorsque leur wagon de train saute dans un futur apocalyptique.

Yuko Moriguchi a arrêté de vivre depuis que sa petite fille de quatre ans, Manami, a été retrouvée noyée dans la piscine de L'école où elle enseigne. D'après le rapport de police, il s'agirait d'une mort accidentelle. Mais l'institutrice n'est pas dupe et suspecte deux de ses jeunes élèves d'être les responsables...