Goro Hanada (interprété par l'acteur fétiche de Suzuki, Jo Shishido) est le tueur numéro 3 dans la hiérarchie des malfaiteurs japonais. Misako Nakajo (interprétée par Annu Mari) lui propose un « contrat », qu'il rate à cause d'un papillon qui se pose sur son arme. Dès lors, il deviendra la cible du mystérieux et secret numéro 1. Il décide de quitter l'organisation des malfaiteurs professionnels et de trouver le numéro 1.

Province d’Echizen, été 1913. En route vers Kyoto, le professeur Yamasawa traverse un village frappé par la sécheresse, perdu au milieu des montagnes. À proximité se trouve l’étang du Démon, objet de superstitions de la part des habitants. En effet, si la cloche du village ne sonne pas quotidiennement, le dragon retenu au fond de l’eau serait libéré et provoquerait un déluge mortel. L’arrivée de Yamasawa chez Akira et Yuri, le couple chargé de faire respecter cette tradition immuable, va bientôt mettre en péril cet équilibre.

Partie 1 : Il n’y a pas de plus grand amour — 1943. Kaji (Tatsuya Nakadai) travaille pour une compagnie qui exploite des gisements de minerai. Il est envoyé à Lo Hu liang, dans le sud de la Mandchourie (état du Mandchoukouo), pour s’occuper des ouvriers chinois travaillant dans les mines de fer, qui sont bientôt rejoints par des hordes de prisonniers. Horrifié par les conditions inhumaines de travail, il tente de se battre pour améliorer leur sort mais rencontre l’hostilité de ses collègues et de sa hiérarchie. Alors qu’il s’oppose à l’exécution d’un prisonnier, Kaji est arrêté par la police, séparé de sa femme Michiko, torturé et mobilisé dans l’armée japonaise.

L'homme d'affaires Iwabuchi est sur le point de marier sa fille à son secrétaire. Alors que la cérémonie est toute proche, il se retrouve mêlé à une sombre affaire de pots de vin au sein même de sa société. Miura, l'un des membres de la firme, est accusé par la police et se suicide. Quant à Wada, également pointé du doigt par les forces de l'ordre, il a été kidnappé par Nishi, le gendre d'Iwabuchi, qui demande la vérité sur le suicide de son père...

Sayo, condamnée à la prison à vie, pour avoir tué l'assassin de son mari et de son fils, ne vit plus que pour une chose : donner naissance à l'instrument de sa vengeance. Elle décède malheureusement en couches en donnant le jour à une fille, Yuki, qui, suivant sa destinée, deviendra la redoutable Lady Snowblood, aux charmes aussi affûtés que le sabre !