Après la bataille de New York, le monde a changé. L'existence de superhéros, bons ou mauvais, a été révélée au monde entier ! Pour protéger la population qui n'est pas prête à affronter cette vérité, et alors que tout le monde le croyait mort, l'agent Phil Coulson reprend du service avec une équipe d'agents secrets au sein du S.H.I.E.L.D. (Strategic Homeland Intervention, Enforcement and Logistics Division). Véritable bouclier humain, le S.H.I.E.L.D. tentera de maintenir la paix...

Ayant perdu une majeure partie des ses moyens logistiques et de ses agents suite à la révélation de son infiltration par le réseau terroriste Hydra, l'organisation mondiale du maintien de l'ordre, le SHIELD, a été dissoute et est considérée par l'opinion mondiale comme organisation terroriste. Pourtant l'agent Phil Coulson s'est vu confié la tâche par l'ex-directeur Fury de rebâtir le SHIELD. À partir d'une ancienne base secrète du SHIELD et avec l'aide des agents restés fidèles à l'organisation, il tente de reconstruire le SHIELD et de stopper Hydra, qui devient de plus en plus puissante, et ce, tout en opérant en totale clandestinité...

Après la victoire sur HYDRA et Alveus, et la signature des Accords de Sokovie, le SHIELD redevient une agence officielle de renseignement. Coulson a dû laisser son poste de directeur à Jeffrey Mace, qui a été nommé à la tête du SHIELD par le Président Ellis. L'agence doit faire face à l'apparition de spectres et doit travailler avec Ghost Rider pour contrer cette nouvelle menace. Parallèlement aux phénomènes paranormaux, une milice nommée les Watch Dogs se constitue dans le but de traquer et d'éliminer les Inhumains.

Après la victoire du SHIELD face aux Inhumains rebelles, Coulson et son agence doivent maintenant faire face à de nombreuses apparitions de nouveaux Inhumains. Par ailleurs, ils n'auront plus aucun soutien du gouvernement après les événements de Sokovie et la création d'une unité gouvernementale pour faire face à la menace des Inhumains. Mais HYDRA, toujours en activité, a décidé d'accomplir son objectif qui lui était destiné depuis longtemps : ramener un Inhumain particulier sur Terre pour que ce dernier domine le monde avec leur soutien.

Un shérif ramène sa femme, enlevée par les indiens. Dans le désert, il rencontre une troupe militaire. Ils devront traverser le désert et les attaques des apaches afin d'atteindre un fort.

Pour leur ultime mission, les agents du SHIELD remontent le temps à l'aide du Zephyr jusqu'au Manhattan des années 1930. L'équipe a pour but de contrecarrer les plans des Chronicoms, tout en évitant d'impacter la ligne du temps. Le moindre changement dans le cours des événements pourrait avoir un effet dévastateur sur le passé, le présent et le futur. Pour empêcher leurs adversaires de remporter la partie, Coulson, Daisy, May, Simmons, Mack, Elena et Deke doivent sauver Hydra.

La vie suit son cours pour l'équipe endeuillée. Mack, qui a repris les commandes, tente d'être à la hauteur en tant que leader. May recrute le Dr Marcus Benson pour apporter son expertise au S.H.I.E.L.D. et les aider à fonder une école. D'étranges anomalies énergétiques alertent le S.H.I.E.L.D. de l'apparition de portails générés par un groupe d'étrangers hostiles. Ces fauteurs de troubles sont dirigés par un homme qui a les traits de Coulson. Dans d'autres contrées lointaines, Daisy et Jemma peinent à retrouver Fitz cryogénisé par Enoch.

Après la destruction de la Charpente, Coulson et une partie de son équipe sont transportés dans une station spatiale 80 ans dans le futur. Ils découvrent un monde où la Terre a été détruite et où l’humanité vit sous le contrôle des Kree ainsi que de Kasisus, leur cruel dirigeant. Les agents du S.H.I.E.L.D. vont devoir trouver comment rentrer à leur époque pour empêcher que cet avenir ne se produise. Pendant ce temps, Fitz est interrogé sur la disparition de ses amis, et décide de les ramener par ses propres moyens alors que l’armée n’est pas en mesure de leur venir en aide.

A look at the story behind Marvel Studios and the Marvel Cinematic Universe, featuring interviews and behind-the-scenes footage from all of the Marvel films, the Marvel One-Shots and "Marvel's Agents of S.H.I.E.L.D."