Amon est un jeune garçon pas tout à fait comme les autres. En effet celui-ci est doté de pouvoirs exceptionnels mais inexplicables. Il va par la suite se prêter volontairement aux expériences de son père physicien qui cherche avant tout à faire progresser la science. Mais malheureusement Branick va faire son apparition. C'est un homme mauvais qui convoite la mystérieuse force d'Amon afin de l'exploiter dans la fabrication d'une bombe destructrice dans le but de dominer le monde. Par peur, le scientifique abandonne toutes ses recherches et choisit de s'enfuir avec sa femme et son fils. Mais durant leur fuites de nombreux problèmes surviennent. Le scientifique et sa femme réussissent malgré les ennuies à s'enfuir laissant derrière eux Amon seul devant ses responsabilités...

Des Futurians débarquent sur Terre. Ils prétendent venir du futur où Godzilla a rasé le Japon, et proposent au gouvernement d'éliminer le monstre avec leur aide. Les Futurians, accompagnés de quelques représentants japonais, décident de se rendre en 1944 sur une île du Pacifique où est censé vivre le monstre qui donnera naissance, après irradiation, à Godzilla. Mais une fois sur place, les Futurians abandonnent trois Dorats, des petits monstres de leur époque qu'ils contrôlent mentalement. De retour dans le présent, tout le monde se rend compte que les Dorats ont à leur tour été irradiés et sont devenus King Ghidorah, un terrible monstre que les Futurians contrôlent pour ravager le Japon. Godzilla, que tout le monde croyait éliminé, se réveille alors.