Sur la planète Mars, en 2071, un camion-citerne explose dans le cratère d'Alba City. Aux dizaines de victimes tuées par l'explosion s'ajoutent des centaines de personnes qui succombent à une mystérieuse maladie. Les autorités soupçonnent une attaque biologique terroriste et offrent une énorme récompense pour la capture des responsables.Sans un sou en poche, les chasseurs de prime du Bebop voient là l'occasion de se renflouer et entament leur enquête. Une ombre entraperçue, une capsule de poison, un consortium pharmaceutique, un tatouage, un suspect mort depuis longtemps et une unité militaire spéciale, telles sont les pièces du puzzle qu'il leur faudra rassembler pour espérer percer le secret...

Sallyane Atwater, modeste employée d'un casino de Reno, rêve de devenir une star de la télévision. À force de ténacité, elle décroche un poste de secrétaire d'une petite chaine de télévision à Miami. Elle parvient à persuader un vétéran du métier, Warren Justice, de lui donner sa chance. Bientôt Sally, devenue Tally, connait un succès foudroyant, succès qui commence à faire de l'ombre à son mentor, avec lequel elle a tout appris et avec qui elle entretient plus que des relations de travail. La gloire va-t-elle lui faire oublier l’essentiel ?

En 2071, l'équipage du vaisseau spatial Bebop voyage dans le système solaire à la recherche de primes. Dans l'argot de l'époque, ces chasseurs de primes sont appelés « cowboys ». La plupart des épisodes tournent autour d'une prime ; cependant, le centre de l'histoire concerne le passé de chaque personnage et d'anciens évènements plus généraux, qui se connectent au fur et à mesure que la série progresse. La première histoire est celle de Spike Spiegel, ancien membre d'une organisation criminelle, les Dragons Rouges, qui est hanté par un triangle amoureux qu'il a connu avec son ancien coéquipier aux Dragons Rouges, Vicious, et une mystérieuse femme nommée Julia. La seconde histoire tourne autour de Faye Valentine, une joueuse endettée et amnésique réveillée d'un sommeil cryogénique, dont le passé est un mystère. Les autres personnages ont aussi un passé à explorer : Jet Black, un ancien officier de l'agence de police interplanétaire ISSP et propriétaire du vaisseau (le Bebop), Edward, une jeune hacker surdouée et hyperactive, et Ein, un « chien data » échappé d'un laboratoire, possédant une intelligence supérieure mais se comportant la plupart du temps comme un chien normal.

Le destin de Takato Matsuda, Ruki Matsuno, et Lee Jenrya est bouleversé lorsqu'ils font la rencontre de "Digimon" réel, issu du jeu de carte auquel ils jouent. Chacun des enfants, appelés aussi, "Digimon Tamers", ont des opinions très différents sur la façon dont les 'digimons" doivent être traités...