L'histoire se déroule dans le Japon de la reconstruction, celui de l'après guerre et de la montée des Yakuzas vers le pouvoir. Nangou, endetté par un de ces Yakuzas, décide de jouer au Mahjong pour pouvoir rembourser ce dernier. Alors qu'il est sur le point de perdre, il fait une dernière prière et implore une aide divine, il supplie même le diable en personne ! C'est alors qu'apparaît Akagi Shigeru, jeune garçon de treize ans qui ne connait rien au Mahjong, mais qui pourtant semble avoir un talent inné pour ce jeu, si bien qu'il enchainera les victoires. Certains disent qu'il vient des ténèbres et qu'il changera le monde.

Sa mère étant morte alors qu’il était encore jeune, le Genji ne peut prétendre au trône et par conséquent, l’Empereur l’engage à fonder une nouvelle branche impériale. Au fil de l’œuvre, la vie du Genji oscille entre ses amours et ses ambitions politiques, la passion et la solitude. Charmeur et raffiné, il n’aura de cesse de façonner son idéal féminin.

Inspiré par le fameux concepteur d'avions Giovanni Caproni, Jiro rêve de voler et de dessiner de magnifiques avions. Mais sa mauvaise vue l'empêche de devenir pilote, et il se fait engager dans le département aéronautique d'une importante entreprise d'ingénierie en 1927. Son génie l'impose rapidement comme l'un des plus grands ingénieurs du monde. Le Vent se lève raconte une grande partie de sa vie et dépeint les événements historiques clés qui ont profondément influencé le cours de son existence, dont le séisme de Kanto en 1923, la Grande Dépression, l'épidémie de tuberculose et l'entrée en guerre du Japon. Jiro connaîtra l'amour avec Nahoko et l'amitié avec son collègue Honjo. Inventeur extraordinaire, il fera entrer l'aviation dans une ère nouvelle.

Kazamatsuri, un Ronin vient de voler le sabre ornemental offert par le shogun au clan Nagashima qu'il était pourtant supposé garder. Le chef du clan décide donc d'envoyer son fils Heishiro à la poursuite du Ronin. Déterminés mais inexpérimentés, Heishiro et ses deux amis vont vite déchanter...

Avant de percer, Takeshi Kitano a appris les ficelles du métier auprès du génie de l'humour Fukami. Mais alors que sa notoriété croît, celle de son mentor s'essouffle.