XVIIème siècle, deux prêtres jésuites se rendent au Japon pour retrouver leur mentor, le père Ferreira, disparu alors qu’il tentait de répandre les enseignements du catholicisme. Au terme d’un dangereux voyage, ils découvrent un pays où le christianisme est décrété illégal et ses fidèles persécutés. Ils devront mener dans la clandestinité cette quête périlleuse qui confrontera leur foi aux pires épreuves.

Tokyo. Envoyé pour un contrat, Mr. Long, tueur à gages de profession, échappe de peu à la mort après avoir manqué sa cible, un membre de gang japonais. En cavale, il doit trouver un endroit où se faire oublier, jusqu'à ce que les choses se tassent. Réfugié dans une petite ville tranquille de la province japonaise, le tueur rencontre Lily, une ancienne prostituée chinoise et son fils, Jun. Aidé par les habitants, il s'installe et crée bientôt un petit restaurant de nouilles, métier pour lequel il se découvre un talent insoupçonné.

Un chef de gang a disparu, ainsi qu'une énorme somme d'argent qu'il avait en sa possession. Ses hommes se mettent à sa recherche, pensant d'abord à un coup d'une bande rivale. Mais ils découvrent rapidement que c'est un tueur professionnel qui se cache derrière toute cette affaire.

Yoshiwara, quartier des plaisirs et du divertissement de la capitale Edo, l'ancienne Tokyo. Réservé à l'élite de la société japonaise, ce quartier clos est la demeure des plus grandes courtisanes de l'époque : les Oïran. Elles font et défont les tendances et la mode de l'époque, et sont aussi enviées que détestées... Parmi elles, une femme, Kiyoha, va devenir une légende sous le nom de Higurashi...

Une chasseuse de primes intergalactique affronte un extraterrestre mortel qui a pris le contrôle du corps de son androïde de combat.