Une princesse transylvanienne, un étudiant et un guerrier vieux de 2000 ans sont choisis pour faire partie d'une troupe de combattants créée afin de stopper une entité extra-terrestre résolue à détruire l'Univers.

Trois courts métrages réalisés par ces mêmes noms qui ont apporté Metropolis, Ninja Scroll, et Akira. Tout commence avec "Labyrinthe labyrinthus", l'histoire d'un labyrinthe dans l'esprit d'un enfant, réalisé par Rintarou. Ensuite Yoshiaki Kawajiri nous donne «Running Man». Il s'agit d'une course de formule futuriste on est mis sur une piste mortelle. Enfin Katsuhiro Ootomo décrit une lutte pour arrêter une installation entièrement automatisée dans «Ordre d'abandonner la construction».

Kum Kum est un jeune enfant qui vit à l'ère préhistorique. Fils de Bradefer, le chef du village, il passe son temps à jouer avec ses amis Moustik, Lilibelle, ... ou à courir après les Flamipuches, des petites bestioles rouges. Un peu turbulent, le jeune garçon animait le village, mais lorsqu'il faisait une bêtise, son père l'enfermait dans une caverne noire...

Depuis la mort de son père, Yona vit seule avec sa mère. Chaque soir, elle parcourt les rues habillée d'un costume de pingouin, certaine qu'elle finira par voler comme son père le lui avait promis. Une nuit, elle rencontre une étrange marionnette, qui l'entraîne jusqu'à un village de Gobelins. Les Gobelins sont persuadés qu'elle est l'oiseau sans ailes qui viendra un jour les sauver...

En 2977, les Terriens nagent dans l’opulence. Ils ont envoyé des robots qui exploitent les ressources d'autres planètes. Tout ce qui est récolté est distribué gratuitement à la population. Par le truchement de l'abrutisseur mondio-visuel, les seigneurs bloquent les pensées d'un peuple asservi. Dénué de pouvoir réflexif, celui-ci se croit heureux. Pourtant, une mystérieuse sphère noire, recouverte de glyphes inconnus, s'écrase sur Terre. Alors que le gouvernement mondial se montre incapable de réagir, une menace extraterrestre se concrétise bientôt via les Sylvidres, femmes guerrières longilignes au teint verdâtre. Leurs exactions sont attribuées à Albator et à ses pirates ; pourtant, lui seul prend la menace au sérieux et s'engage à les combattre.

Au Japon, vers le XIXe siècle, Jirô, un jeune garçon accusé de meurtre, s’enfuit dans les montagnes. Tenkai, un moine bouddhiste vient à sa rencontre, et décide de l’initier à l’art du combat. Il deviendra son protecteur. Ninja accompli, Jirô découvre que son sabre détient un précieux secret qui pourrait le conduire à un trésor inestimable et très convoité…

À Metropolis, une cité futuriste, humains et robots cohabitent, mais vivent dans des espaces bien délimités… Dans une atmosphère baignée par la musique de jazz, cette cité est le théâtre d'une enquête de police menée par un inspecteur japonais et son jeune neveu, Kenichi, au sujet d'un savant accusé de trafic d'organes, le docteur Laugthon, et qui va s'avérer être au service de l'homme le plus puissant de la ville. Celui-ci utilise les services du savant pour créer un robot ultra-moderne, ayant l'apparence d'une petite fille, Tima. Ce robot est la clé d'une arme secrète destinée à lui assurer la domination du monde, la Ziggurat, une haute tour à l'image de la tour de Babel, conçue pour égaler Dieu.

Petit gangster de Hong-Kong, Wah (Andy Lau) se partage entre son boulot habituel, le recouvrement de dettes, et la nécessité de protéger son acolyte, Fly (Jacky Cheung), à la conduite problématique : celui-ci ne cesse d’emprunter de l’argent qu’il ne peut jamais rembourser. Mais cette vie, déjà̀ passablement déréglée, est bouleversée quand Wah doit héberger sa jolie cousine, Ngor (Maggie Cheung), qui vit loin de la ville, sur l’île de Lantau. Wah entame alors un épuisant va-et-vient entre son amour naissant pour Ngor, mirage d’une vie paisible, et sa fidélité́ à son «frère» de gang, Fly, tabassé à répétition par les hommes de main d’un autre gangster, Tony. Wah devra choisir sa destinée.

Les aventures d'un petit garçon qui voyage de planète en planète à bord d'un train, le Galaxy Express 999, dans le but de venger la mort de sa mère.

Des extra-terrestres à l'apparence de spectres répondant au nom de Noo ont débarqué sur Terre. Tadashi Daiba fait leur rencontre, chez lui, alors qu'ils viennent de tuer son père. Tandis qu'ils s'apprêtent à s'en prendre au jeune homme, celui-ci est sauvé in extremis par Herlock, le pirate de l'espace disparu depuis 20 ans. Il lui propose de le rejoindre à bord de son vaisseau spatial, l'Arcadia dont il a retrouvé l'équipage. Débute dès lors le combat de ce duo contre les Noo, alors que la Terre disparaît, frappée par un étrange rayon provenant de l'espace.

Suite à sa victoire face à la reine Promethium, Tetsurô décide finalement de rentrer sur Terre. Cependant, la ville qu’il chérissait tant, Metropolis, a été détruite par les sbires de Promethium qui d’après les rumeurs serait en fait toujours vivante. N’écoutant que son courage, Tetsurô rejoint une armée de résistants. Or, quelques temps plus tard, il reçoit un message de son amie Maetel qu’il pensait ne plus revoir, le conviant à la rejoindre dans le Galaxy Express 999.

Au moment où se déroule l'histoire, 200 ans ont passés depuis que Butz et ses compagnons ont sauvé les deux mondes de la menace de ExDeath. Malheureusement, ceux-ci sont à nouveau menacés par une force qui cherche à prendre possession des quatre célèbres cristaux représentant les quatre éléments fondamentaux, sans qui la vie ne serait plus possible : l'eau, la terre, le feu et le vent… Linaly, une descendante de Butz, ainsi que son ami et protecteur Pritz partent alors pour le Temple du Vent où ils espèrent trouver la source de ce nouveau danger…