Jonathan et Sophie passent les grandes vacances chez leur grand-père à la montagne. Alors que Jonathan se dispute avec sa petite sœur, celle-ci franchit la porte du jardin, malgré les avertissements du grand-père : soudain enlevée par un ours gigantesque, elle disparaît dans une immense et mystérieuse forêt… Mort d'angoisse, Jonathan part aussitôt à sa recherche. C'est le début d'une aventure palpitante, au cœur d'un univers enchanté et menaçant, peuplé de créatures étranges...

De retour chez lui, Jungle Jack retrouve ses amis les singes Zick et Zack et le serpent Cobra. Mais la quiétude n'est apparente vu que le producteur Conrad a décidé de l'enlever à nouveau. Il projette de se servir de Jungle Jack dans son prochain film...

Alors que Jack et Rita coulent des jours heureux dans leur petit coin de paradis, en compagnie de Charlie, de nombreuses personnes se mettent à la recherche de Jack, pour le capturer, chacun pour différents motifs. Jack va devoir faire face à ses vieux ennemis comme le docteur Sturmdrang ou encore que le Général Maximus.