Un prince rebelle est contraint d'unir ses forces avec une mystérieuse princesse pour affronter ensemble les forces du mal et protéger une dague antique capable de libérer les Sables du temps, un don de dieu qui peut inverser le cours du temps et permettre à son possesseur de régner en maître absolu sur le monde.

Asuka et Mari sont envoyées dans l'espace, pour y récupérer un mystérieux tesseract. Mais en pleine mission, elles sont attaquées par les anges de la SEELE. Soudain, les cris d'Asuka, qui se trouve en difficulté, provoquent l'éveil de la créature contenue dans le tesseract. Pendant ce temps, sur Terre, Kaworu Nagisa s'impatiente de faire enfin connaissance avec Shinji Ikari…

Albert, fils d'une noble famille originaire de Paris par à l'aventure avec son amis Franz pour s'échapper de sa vie ennuyeuse. Il rencontre un noble homme très riche, le comte de Monte Cristo. Vivant dans de riches et luxuriants hôtels, accompagné de belles femmes, l'énigmatique compte fascine Albert par son savoir. Celui-ci décide alors d'inviter le comte à Paris pour joindre la haute société. Mais ce qu'Albert ne sait pas, c'est que son père a auparavant privé le comte de sa fiancée…

Ce programme de neuf courts métrages faisant appel à diverses techniques d'animation (animation classique, manga, images de synthèse...), raconte plusieurs histoires au sein du monde de la Matrice autour de la guerre hommes/machines. 1 - Le Dernier Vol de l'Osiris 2 - La Seconde Renaissance, partie 1 3 - La Seconde Renaissance, partie 2 4 - L'Histoire de Kid 5 - Programme 6 - Record du monde 7 - Au-delà 8 - Une histoire de détective 9 - Matricule