Liz, son fiancé Peter et des amis prennent le large à bord d'un yatch luxueux pour passer des vacances ensemble. Soudainement le bateau dérive, heurte un récif et sombre mais le groupe d'amis arrive à se sauver sur une île mystérieuse non loin du lieu de l'accident. Alors qu'ils envoient un signal de détresse et attendent les secours sur la plage, des bruits étranges proviennent de la jungle. Le lendemain matin plus de trace de Peter, uniquement des tâches de sang sur le sable. Ils décident alors de partir à sa recherche dans la jungle et vont faire la rencontre d'une espèce redoutable...

Allison est désormais la protectrice du manuscrit. Une fois encore, une bande d'anges renégats arrive sur Terre pour détruire l'humanité et reprendre le manuscrit....

On retrouve nos héros en vacances à la mer. Les garçons ne comptent pas profiter de la plage mais plutôt de leur toupie dans un tournoi qui se déroule pas loin. Tout se passe bien jusqu'à ce qu'arrive un inconnu avec une toupie rasant tout sur son passage. On apprends qu'il s'appelle Helios et qu'avec sa toupie Sol Blaze, il compte détruire Pegasus. Ginga et ses amis pourront-ils l'en empêcher et comprendre le fond de cette histoire ?

Dix ans après la guerre, la dichotomie entre les riches et les pauvres dans le monde devient plus importante et le Japon ne fait pas exception. Les riches cherchent à satisfaire leurs désirs. Saiga, autrefois photographe de guerre, travaille pour Hibara Ginza dans l'État capitaliste de Tokyo.

Rokujo Miharu est un garçon comme les autres, mais il a en lui une technique secrète très puissante appelée « Shinrabanshō » convoitée par de dangereux ninjas. Kouichi Aizawa crée un club de ninjas dont le professeur Kumohira est responsable, tous deux sont des ninjas qui cherchent à protéger Miharu des menaces qui pèsent sur lui. Ils le forcent à faire partie de leur club de ninja pour qu'il apprenne à se défendre afin qu'il devienne le seigneur de Nabari, le monde des ninjas.