Autrefois, la Terre a failli devenir une vaste planète stérile à cause des activités humaines. Afin de lui donner le temps de s'en remettre et de renaître, les hommes se sont donc installés dans des zones inhospitalières, comme la Sibérie, où ils survivent dans des villes-dômes. Le jeune Gainer Sanga, prodige des jeux vidéo, vit dans l'une de ces cités sibériennes. Un jour, en plein cours, il est arrêté car on le suspecte, à tort, d'être un membre de l'Exode. En prison, il va faire la connaissance de Gain, un véritable rebelle, avec qui il s'évadera. Ils voleront ensuite un Overman et rejoindront l'Exode, c'est-à-dire un groupe qui a décidé de retourner vivre dans des zones plus hospitalières.

U.C. 0096. Trois ans se sont écoulés depuis la conclusion de la Seconde Guerre contre Neo-Zeon. La Fondation Vist, que l’on soupçonne de manipuler à la fois Anaheim Electronics et le gouvernement fédéral, s’apprête à céder un objet secret aux Manchettes, les survivants de Neo-Zeon, dans l’espoir de créer un monde nouveau. L’échange doit avoir lieu sur la colonie industrielle Industrial 7. C’est là qu’habite Banagher Links, un jeune lycéen qui sauve une jeune fille piégée dans la zone en apesanteur de la colonie…

UC0087 : sept ans ont passé depuis la fin de la Guerre d'Un An. Rendu paranoïaque par les exactions des survivants des Forces de Zéon (voir Gundam 0083), le Gouvernement Fédéral a autorisé la création d'un corps d'armée spécial, les Titans, dont le rôle est de pourchasser ceux-ci, mais qui se comportent en véritables SS. C'est dans des conditions dramatiques que le jeune Camille Bidan va s'engager aux côtés de l'AEUG, groupe paramilitaire soutenu par des trust politico-économiques, pour lutter contre les Titans. Or, ce que tout le monde ignore encore, c'est que le conflit qui se dessine derrière ce qui fut tout d'abord une guerre froide, cache des enjeux bien plus complexes que quiconque peut l'imaginer. Alors qu'Amuro Rei, Bright Noah et les vétérans de la Guerre d'Un An doivent reprendre les armes, une nouvelle génération de jeunes gens va se consumer dans le brasier.