Krabat est un jeune orphelin de treize ans qui erre ici et là dans la campagne bohémienne, essayant tant bien que mal de trouver de la nourriture et un endroit où dormir. Un soir d'Epiphanie, il rencontre un corbeau qui le convainc de le suivre dans le vieux et sinistre moulin du marais de Kosel. Une fois sur place, il rencontre un meunier au visage affreux qui est aussi un sorcier. Ce dernier lui propose de devenir son apprenti et de travailler pour lui en échange d'un lit et de repas chauds...

Hitomi, jeune lycéenne possédant le don de cartomancie, est téléportée malgré elle sur la planète Gaïa où elle fait la connaissance du roi Van Fanel du royaume de Fanélia et du chevalier Allen Schezar du royaume d'Astria. Tous deux luttent contre l'empire Zaïbacher à bord de leurs guymelefs : Escaflowne et Sheherazade. Hitomi se retrouve alors au cœur du conflit.

En 1891, à Prague, alors qu'ils visitent le Salon des Sciences et des Techniques, cinq garçons intrépides montent à bord d'un dirigeable et prennent les airs. Echappant à toutes les poursuites, ils survolent l'Europe et parviennent au-dessus de l'Océan. Une tempête détruit complètement le dirigeable, mais les garçons échouent heureusement sur une île inconnue... Ils y vivent comme Robinson, découvrent le repaire du légendaire Capitaine Nemo et affrontent une bande d'aventuriers.

À travers un manuel scolaire, quatre garçons remontent le Fleuve du temps. Les jeunes explorateurs découvrent ainsi les espèces animales et végétales de l'ère jurassique et affrontent notamment quelques monstres préhistoriques. Karel Zeman, parfois surnommé le « Méliès tchèque », combine ici plusieurs techniques (animaux animés, décors peints et acteurs vivants).

Melant la technique du dessin anime et le jeu d'acteurs reels, Zeman s'inspire de divers auteurs de la litterature classique fantastique. Apres avoir vecu diverses aventures sur Terre avec son ami l'astronaute Tonik, le baron de Crac est accueilli sur la Lune par Cyrano de Bergerac et les heros des romans de Jules Verne.