Jûzô est le souffre-douleur de son camarade de classe Akai. Un jour, Akai menace Juzo avec une bouteille d'acide au vitriol et lui brûle accidentellement le visage. Dix ans plus tard, Juzo emménage dans l'appartement n° 13 de l'immeuble où vit également la famille d'Akai.

Quand le destin réunit un tueur à gages sombre et solitaire et une jeune femme guerrière, venue du futur pour empêcher la destruction de la Terre. Ils vont tenter de changer le cours de l'histoire. Pour cela, ils n'ont que 72 heures…

Après avoir remercié Kaoru qui tentait désespérément de l’arrêter, Kenshin se rend finalement à Kyoto. Là-bas, armé de son sabre, il va devoir faire face à son ennemi le plus redoutable jusqu’à maintenant : Shishio, l’homme que tout le monde craint. Mais c’est sans compter les nombreux alliés de Sojiro qui vont se mettre sur son chemin.

Après une courte accalmie, le valeureux Kenshin Himura (Sato Takeru) reprend du service, et fait face à Makoto Shishio (Fujiwara Tatzuya) qui tente de renverser le gouvernement Meiji. Le sort du pays se trouvant alors entre ses mains, Himura Kenshin reprend l’épée qu’il s’était pourtant juré de ne jamais plus utiliser…

L'histoire se déroule un an après le premier film. On y suit les deux survivants rentrer chez eux et tenter d'alerter l'opinion publique sur ce qui s'est passé sur l'île. Leurs déclarations provoquent un chaos sur tout le pays, violemment réprimé par le pouvoir militaire. Ce dernier décide alors de faire participer les deux opposants à la deuxième session de Battle Royale en compagnie d'une classe beaucoup moins tendre que la précédente.

C’est l’anniversaire d’Aoi, une jeune japonaise de 17 ans… Aoi vient d’être violée. Partie chercher un peu de réconfort auprès de ses parents, elle est battue par son père et rejetée par sa mère. Aoi, seule, tente de se suicider en se jetant du toit de l’école lorsqu’elle reçoit un message sur son portable qui lui souhaite un bon anniversaire. C’est une erreur mais le message la réconforte. Alors qu’elle erre seule dans la ville, elle fait la rencontre de Kanai, un homme souriant qui lui propose de devenir mannequin pour des photos. En fait, le travail qu’il lui propose est celui d’hôtesse de bar. L’argent est un appât de choix pour Aoi, proie facile, qui se retrouve très vite surendettée. Kanai lui propose alors un contrat de cinq millions de yens si elle tourne dans cinq films pornographiques. C’est la vie d’Aoi, une jeune japonaise d’à peine 17 ans…