L'élève Daniel LaRusso et son mentor M. Miyagi ont délaissé les tournois de karaté, pour se lancer dans une quête d'aventures. Un talisman aux pouvoirs magiques a été volé à Okinawa, île natale de M. Miyagi. Avec l'aide Taki Tamurai, ils vont parcourir le monde pour la restituer.

L'arrivée sur Terre de Klaatu, un extraterrestre d'apparence humaine, provoque de spectaculaires bouleversements. Tandis que les gouvernements et les scientifiques tentent désespérément de percer son mystère, une femme, le docteur Helen Benson, parvient à nouer un contact avec lui et à comprendre le sens de sa mission. Klaatu est là pour sauver la Terre... avec ou sans les humains.