Des scientifiques mènent des expériences climatiques sur l'île de Solgell, ce qui a pour effet de déclencher une tempête et de transformer les mantes locales en monstres géants : les Kamacuras. Alors que celles-ci découvrent un œuf géant et s'apprêtent à tuer le bébé, Godzilla arrive et lui sauve la vie avant d'entreprendre son éducation...

L'International Psychic Power Group est une organisation secrète financée par les Nations Unies. Composée de surhommes clairvoyants sous le couvert du Centre international de recherche sur la pollution, elle mène une guerre privée contre des ennemis qui menacent la paix mondiale et l'anéantissement total de la race humaine. Alors que l'hostilité entre l'Est et l'Ouest atteint un point d'ébullition, quatre délégués d'Europe de l'Est sont assassinés à bord de l'Express international Milan-Genève alors qu'ils se rendent aux Nations Unies pour le Comité de médiation des différends internationaux. Le Premier ministre baltonien est le prochain à être ciblé pour être éliminé. Un assassin psychique impitoyable nommé Goro traque les sauveurs psychokinétiques, eux-mêmes marqués à mort par un groupe anti-ESPY dirigé par l'insidieux et surhumain Ulrov, qui prévoit de détruire l'humanité en déclenchant la troisième guerre mondiale.

Ryota vole un un bateau pour partir à la recherche de son frère disparu. Pendant le voyage en mer, le navire est attaqué par une terrible créature géante, Ebirah. Ayant accosté sur l'île de Letchi, il découvre que Mothra, un autre monstre, pourrait être capable de l'arrêter. En réalité, Mothra a besoin de renfort et Ryota va alors tout faire pour réveiller Godzilla...

Devant l'accroissement de la pollution des mers, le roi de Seatopia décide de prendre des mesures : envahir le monde de la surface en envoyant le monstre Megalon. Pour aider Megalon, des agents sont envoyés dérober un robot qui servira de guide d'attaque au monstre : Jet Jaguar. Megalon détruisant tout sur son passage, on décide d'appeler Godzilla à l'aide pour vaincre le monstre...

Une ancienne légende dit que le soleil deviendra rouge et qu'un monstre du ciel viendra détruire la Terre avant d'être arrêté par deux monstres terrestres. Peu de temps après la découverte d'une grotte dédiée à une divinité ancienne, un robot ressemblant à Godzilla et envoyé par des extraterrestres apparaît et commence à tout détruire...