L'année est 2199. La race humaine a été écrasée dans sa guerre contre les Gamilos, poussée dans les villes souterraines par l'assaut de l'envahisseur. Les scientifiques estiment qu'il ne leur reste qu'une année. Les jeunes officiers Susumu Kodai et Daisuke Shima reçoivent une capsule mystérieuse d'un navire qui a fait un atterrissage d'urgence sur Mars et est retourné avec lui sur Terre. Il contient le dernier espoir de l'humanité: la planète Iscandar de l'autre côté de la Galaxie de Magellan a la technologie pour vaincre les Gamilos et restaurer la planète. Le vaisseau spatial Yamato est chargé de cette tâche, mais ils n'ont qu'une année avant la fin de l'humanité.

2202, trois ans après la bataille de Gamillas, le système solaire est de nouveau en paix et la Terre a été restaurée grace au dispositif donné par Starsha Iscandar. Un traité de paix a officialisé la fin de la guerre entre la Terre et Gamillas qui s'allie pour former une force armée intergalactique avec comme nouveau navire amiral, l'Andromeda, symbole de cette puissance militaire constituée malgré les vœux de paix de Starsha Iscandar. Mais quand une nouvelle puissance, Gatlantis commence à faire des ravages et veut conquérir l'univers, Teressa, une femme ayant d'étonnants pouvoirs, fait de nouveau appel au cuirassé Yamato commandé par Susumu Kodai pour riposter à la nouvelle menace.