À l'heure de pointe en fin d'après-midi, tous les banlieusards de New York rentrent chez eux et empruntent le tunnel qui relie Manhattan au New Jersey. Quand, parmi les embouteillages, une voiture zigzague à vive allure pour échapper à la police. C'est l'accident, et le véhicule percute de plein fouet un convoi chargé de produits toxiques. Une violente explosion secoue le tunnel. Les quelques survivants de cet enfer vont tenter de retrouver l'air libre.

Ex-membre des marines, Louanne Johnson accepte d'enseigner à la East Palo Alto Highschool, un établissement à la réputation sulfureuse. Réalisant que ses élèves possèdent de grandes capacités intellectuelles, elle décide de se battre pour les aider à apprendre.

Dade Murphy, un adolescent, est arrêté par les services secrets pour avoir créé un virus informatique et est condamné à ne plus utiliser un ordinateur jusqu'à son dix-huitième anniversaire. Quelques années plus tard, lui et ses amis découvrent qu'un virus très dangereux est en passe de se propager sur tout le réseau. Ils vont tenter de stopper son extension.

Cameron Poe, accusé de meurtre, a passé huit ans derrière les barreaux. Huit années qui l'ont empêché d'assister à la naissance de sa fille. Libéré sur parole, il n'est plus séparé de la liberté que par quelques heures de vol à bord d'un avion de la Con Air, la division aérienne de la police fédérale américaine. Une simple formalité s'il n'était accompagné de la fine fleur des criminels américains, en voie d'être transférée vers un tout nouveau quartier haute sécurité. Après quelques minutes de vol, et ménés par Cyrus Grissom (qui répond aussi au doux surnom «Le virus»), les prisonniers s'emparent de l'appareil qui, endommagé par la lutte intestine, file sur Las Vegas. Unique être sensé à bord, Cameron Poe est le seul à pouvoir empêcher Cyrus de massacrer tous les policiers capturés, alors qu'au sol, le Marshal Vince Larking, au courant de la présence de Poe, tente d'empêcher ses supérieurs de détruire l'appareil en vol…