Hakuoro se réveille, un masque trop bien fixé au visage. Recueillit dans un village d'un japon alternatif féodal, notre homme, amnésique comme il se doit, se fait accepter de la communauté, et lui rend service. Progressiste et humaniste, il en viendra à se dresser contre l'empereur local (juste un shogun), son passé commence à ressurgir cependant, et il ne semble pas autant plein de bon sentiments qu'on aurait pu le penser, ni même qu'Hakuoro se l'était imaginé. Heureusement il s'est fait d'intéressants compagnons.

La chute du Mikado a entraîné avec elle d’importants bouleversements. L’Empire Yamato est désormais dirigé d’une main de fer par un usurpateur impitoyable, qui cherche à soumettre tout le monde à son pouvoir. Mais Anju, la jeune princesse qui doit succéder à l’ancien Empereur, ne compte pas le laisser faire et entend bien récupérer la place qui lui est due. Ce qu’elle ignore encore, c’est que Raiko, qui profite du chaos ambiant à la capitale pour installer une fausse princesse au pouvoir et prendre le contrôle du pays, est en train d’envoyer l’armée impériale à l’assaut d’Ennakamuy, dans le but de l’éliminer. Fort heureusement, Anju peut compter sur l’aide de Haku, Kuon et Nekone pour récupérer le trône de Yamato.

L'histoire commence lorsque un homme seul, se réveille au beau milieu d'une plaine en ayant perdu la mémoire. En regardant autour de lui, il aperçoit un énorme monstre se ruer dans sa direction. Ayant perdu tout espoir de survie, ce dernier s'abandonne à son sort. C'est là qu'une jolie jeune fille aux oreilles d'animal avec une queue, nommée Kuon, lui sauve la vie. Après l'avoir recueilli, cette dernière va l'aider à retrouver sa mémoire.