Les kaiju sont d'effroyables monstres géants qui surgissent de nulle part pour attaquer la population. Au Japon, ces apparitions font désormais partie du quotidien. Enfant, Kafka Hibino rêvait d'intégrer les Forces de Défense pour combattre ces terribles ennemis, mais après de nombreux échecs à l'examen d'entrée, ce trentenaire travaille à nettoyer les rues de leurs encombrants cadavres. Jusqu'au jour où une mystérieuse créature s'introduit dans son organisme et le métamorphose en une entité surpuissante mi-humaine, mi-kaiju. Son nouveau nom de code : "Kaiju n° 8" !

L'histoire se déroule à Tokyo, dans un monde inondé de bulles ayant modifié les lois de la gravité. Coupée du reste du monde, Tokyo est devenue le terrain de jeu d'un groupe de jeunes adeptes de parkour privés de leurs familles, dont les équipes s'affrontent d'immeuble en immeuble. Un jour, après une figure périlleuse, Hibiki, jeune prodige connu pour son style de jeu risqué, est propulsé vers l'océan dénué de gravité qui entoure la ville. Il est sauvé par l'intervention soudaine d'Uta, jeune fille aux pouvoirs mystérieux. Tous deux vont alors entendre un son qu'eux seuls peuvent percevoir. Pourquoi Uta a-t-elle ainsi rejoint Hibiki ? Leur rencontre les mènera à une révélation qui va changer le monde.

Yatora est un lycéen studieux à qui tout réussit. Pourtant, il ressent depuis toujours une impression de vide en lui. Jusqu’au jour où, par hasard, il tombe sur un tableau qui le subjugue littéralement… Très vite, Yatora réalise que peindre est le seul moyen de faire passer ses émotions et de se révéler. Cet événement le pousse à se livrer corps et âme à la peinture pour tenter le concours d’entrée de la plus sélective des écoles de Beaux-arts !

Sakuta Azusagawa, élève de 1ère, habite Fujisawa, une ville où resplendissent ciel et mer. Il vit un quotidien palpitant avec sa petite amie Mai Sakurajima, jusqu'au jour où débarque son premier amour, Shôko Makinohara, en qui cohabitent en fait deux personnes : une adulte et une collégienne. Sakuta, contraint d'héberger Shôko qui se joue de lui, voit ses relations avec Mai devenir de plus en plus tendues. Mais il se trouve que Shôko la collégienne souffre d’une grave maladie. La cicatrice de Sakuta recommence à le lancer...

Les examens finaux sont enfin terminés, et les élèves de Yuei se préparent pour le camp d’été. Izuku et All Might reçoivent une invitation d’une certaine personne pour partir à l’étranger dans une immense ville ambulante appelée « I-Island ». Dans cette île qui regroupe les connaissances de scientifiques du monde entier, se tient l’I-Expo, un événement dédié aux résultats de recherches sur les Alters et les superhéros. Izuku y fait la rencontre de Melissa, une fille sans Alter qui lui rappelle son passé. Soudain, l’imprenable système de sécurité de l’île est piraté par des vilains, et tous les habitants de l’ile se retrouvent pris en otage. Un plan capable d’ébranler la société des héros est en marche ! Et la personne au coeur de tout cela, est le héro numéro 1 et symbole de la paix : All Might.