Au pied de la ville d’Orse s’étend l’abysse, une faille gigantesque à la profondeur inconnue habitée par d’étranges créatures et emplie d’antiques reliques. Depuis des années, ce gouffre attire de nombreux aventuriers séduits par l’aura de mystère qui l’entoure. On les appelle « les caverniers ». C’est ici que vit Rico, une jeune orpheline obsédée par l’Abysse et désirant marcher dans les traces de sa mère. Un jour, lors de ses prospections, elle découvre le corps inanimé d’un jeune garçon. Elle n’imagine alors pas à quel point cette découverte va changer sa vie et accélérer son destin...

Jimmy Kristidis est obsédé par le fait d'être un grand joueur de football. Pour ce faire, il décide de rencontrer Pelé afin qu'il l'entraîne et le conseille pour devenir, comme lui, le meilleur footballeur de tous les temps...

Directement après les événements du film « Made in Abyss Movie 3: Dawn of the Deep Soul » cette saison de Made in Abyss couvre l'aventure de Reg, Riko et Nanachi au 6ème palier, la capitale des non-retournés.