Jack Bauer vit désormais une vie tranquille dans le désert du Mojave. Mais quand David Palmer et Michelle Dessler sont assassinés et que Tony Almeida et Chloé O'Brian sont également visés, il comprend que quelqu'un sait qu'il est toujours en vie. Jack se rend donc à la CAT. Après avoir prouvé son innocence, il découvre la sinistre vérité : des terroristes tchétchènes s'apprêtent à lancer une attaque chimique sur Los Angeles. Et la Maison-Blanche est impliquée.

Alors qu'il vient de se remettre de sa grave contamination, Jack Bauer vit paisiblement à New York avec sa fille Kim et sa petite-fille Tery et a l'intention de rentrer à Los Angeles. C'est alors qu'il découvre malgré lui qu'un attentat se prépare contre le président du Kamistan Omar Hassan, venu à New York pour signer un important accord de paix avec la présidente Allison Taylor à l'ONU. Jack décide donc d'aider la CTU de New York à sauver le traité.

Quatre ans après avoir traqué les Russes à New York pour se venger de l'assassinat de Renee Walker, Jack Bauer et Chloe O'Brian sont fugitifs à Londres. Ils sont pourchassés par la CIA, notamment par l'agent Kate Morgan, alors qu'ils essaient à nouveau de contrecarrer une attaque terroriste impensable qui pourrait changer le monde pour toujours.

C'est le jour des primaires démocrates en Californie et le sénateur David Palmer, premier candidat noir à l'élection présidentielle, est favori. Cependant, Jack Bauer, chef de la CAT de Los Angeles (Cellule Anti-Terroriste), apprend que des terroristes s'apprêtent à assassiner le sénateur. Jack va devoir agir seul car il pense qu'une taupe s'est infiltrée dans la CAT. Mais il va rapidement découvrir que sa femme et sa fille sont également visées. Son passé va le rattraper...

18 mois après le drame, Jack Bauer ne s'est toujours pas remis de l'assassinat de sa femme. Cependant, la CAT a besoin de lui : des terroristes islamistes s'apprêtent à faire exploser une bombe atomique à Los Angeles. Jack reprend du service.

Jack Bauer vient de terminer une opération d'infiltration dans le puissant cartel de la drogue mexicain des Salazar qui a permis l'arrestation de son chef Ramon Salazar. Cependant, Jack apprend que le frère de Ramon, Hector, s'apprête à s'emparer d'un dangereux virus mortel. Il décide alors de monter une ambitieuse opération secrète afin de s'emparer du virus.

La saison 4 se déroule 18 mois après la saison 3. Jack Bauer est désormais conseiller du ministre de la Défense James Heller et entretient une relation amoureuse avec sa fille, Audrey Raines. Cependant, lorsque des terroristes islamistes enlèvent Heller et Audrey, il décide d'épauler la Cellule anti-terroriste. Il va alors rapidement comprendre que Heller n'est pas la seule cible des terroristes.

Après 20 mois passés dans une prison chinoise, Jack Bauer est de retour à Los Angeles. Abu Fayed, un terroriste islamiste repenti, a accepté de trahir son chef Hamri Al-Assad, responsable d'une vague d'attentats sur le sol américain, en échange de Jack Bauer. Mais quand Jack apprend que Fayed est le véritable responsable des attaques, il s'échappe. Avec l'aide d'Assad et de la CAT, Jack va tenter d'empêcher Fayed et ses alliés nationalistes russes de lancer des attaques nucléaires sur les États-Unis. Mais Jack va également découvrir que sa famille est impliquée et qu'on lui cache quelque chose.

Alors qu'il doit répondre devant le Sénat des crimes commis par la CTU récemment dissoute, Jack Bauer est appelé à l'aide par le FBI. En effet, son ancien ami et collègue Tony Almeida, qu'il croyait mort depuis près de 6 ans, a pris la tête d'un groupe terroriste qui commet des vols de haute technologie à Washington. Jack est le seul qui peut l'arrêter.